TogoProtはライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）が提供するタンパク質関連情報検索サービスです。
"TogoProt"をクリック。
TogoProtのホームページが表示されました！
TogoProtで引用しているデータベースの一覧・収録データ数・概要を確認する場合は"データベース一覧"をクリック。
データベースの一覧が表示されました！
2010年7月現在、41種のデータベースをリファレンスとしています
"Toll"と入力し、ENTER!
検索結果が表示されました！
下のパネルをクリックすると引用データベースの変更が出来ます。
今回はtoll-like receptorで最もデータ数の多い "PIRSF800008"を選択します。
左側のタブには選択したデータの中身が表示されます。
UniprotIDを示しています
タンパク質の名称を示しています
PDBに登録されている立体構造データの数を示しています。
右側のタブでは選択したタンパク質やファミリーのデータとリンクが表示されます。
データベース側でヘッダとして表示される概要部分を示しています。
"link"をクリックすると各データベースのページに移動します。
"TLR10_HUMAN"をクリック
選択したタンパク質がEnterz GeneIDに関連付け されている場合、"ゲノムブラウザ"をクリックすることでJabionの遺伝子百科のページに移動します。
ヒトTLR10の遺伝子百科のページが表示されました！
Jabionの使い方は統合TVの番組"日本語バイオポータルサイトJabionを使い倒す 〜遺伝子百科編〜"を参照願います。
選択したタンパク質がWikipediaに登録されている場合、こちらのリンクから英語版Wikipediaの記述を見ることも出来ます。
タンパク質同士のInteractionを調べる場合はHINTdb>を利用します。
"HINTdb Interaction 215475 Homologs"をクリック。
このページでは目的タンパク質と相互作用するタンパク質を調べることが出来ます。
赤枠内は目的タンパク質と相互作用するタンパク質を示しています。
タンパク質の構造データを確認する場合はPDBjを利用します。
リンクをクリックしてPDBjのページを開きます。
download PDB format fileをクリック
最後に、今回出力したTLR10の立体構造をPyMOLで確認してみましょう！
PyMOLの導入・設定は統合TVの「PyMOLを使い倒す」を参照願います
"pdb2j67.ent"の上で右クリック
"プロパティ"を選択。
"変更"をクリック
"PymolWin"をクリック。
"OK"をクリック。
"cartoon"をクリック
"spectrum"を選択。
"rainbow"をクリックしてカラー表示に変更します。
統合TVは、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が発信する生命科学分野の有用なデータベース(DB)やウェブツールの活用法を動画で紹介するウェブサイトです。くわしくは はじめての方へ をご覧ください。ご意見、ご要望は、お問い合わせ からお願いします。TogoTV beta ('togo' means 'integration' in Japanese) is an archive of tutorial videos expounding how to use biological databases and tools. Although most of contents are currently depicted in Japanese, you can find English contents here. Please post any comments, suggestions, and requests at each content page, e-mail to the address described at the bottom of each page or contact form. This site is provided by Database Center for Life Science (DBCLS) and funded by MEXT Integrated Database Project in Japan.
