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TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

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2010-06-24

_ [winxp][塩基配列][配列解析][可視化][DBCLS] MiGAPの使い方〜導入と基本操作〜

MiGAPの使い方

MiGAP(Microbial Genome Annotation Pipeline)ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が提供する塩基配列解析サービスです。MiGAPの特徴は原核生物ゲノム塩基配列に対しアノテーション(注釈)をつけることができることです。本サービスは、塩基配列解析にMetaGeneAnnotatorGlimmerRNAmmerを、配列相同性解析にNCBI BLASTを使用しています。

今回はMiGAPのサンプルデータを用いて解説を行います。ちなみに、CDSはCoding Sequence(コーディング配列)、RBSはRibosome Binding Site(リボソーム結合部位)の略称です。動画内で紹介されているDBCLS OpenIDの登録方法は統合DBを使い倒すためにOpenIDを取得するを参照願います。

Get the Flash Player to see this movie.この動画を再生するにはAdobe Flash Player (無料)が必要です

また、JavaScriptをOnにする必要があります。
Keywords: genome, DBCLS, pipeline

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1. サンプルデータを解析する。(1分43秒)
  2. 2. 解析結果を確認する。(3分46秒)
  3. 3. 解析結果を出力する。(6分1秒)

YouTube版はこちらです


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