MiGAP(Microbial Genome Annotation Pipeline)はライフサイエンス統合データベースセンターが提供する塩基配列解析サービスです。
MiGAPの特徴は原核生物ゲノム塩基配列に対しアノテーション（注釈）をつけることができることです。
ツール＆解析サービスから "MiGAP"をクリックします。
MiGAPのホームページが表示されました！
MiGAPは認証にOpenIDを利用しているため、サービスを利用するためにはOpenIDを取得する必要があります。OpenIDの取得方法は統合TVの「統合DBを使い倒すためにOpenIDを取得する」をご参照願います。
"MiGAP"のバナーをクリック。
MiGAPのメインページが表示されました！
"Login"をクリック。
ここでDBCLS OpenIDの入力を求められますので、
OpenIDの"username"を入力します。
一旦、DBCLS OpenID Serviceのページに移動します。
パスワードの入力を求められますので、OpenID登録時に設定したパスワードを入力します。
"Sign in"をクリック。
OpenIDによるMiGAPへのログインが完了しました！
"Pipe Line"をクリック。
この項目ではパイプラインのデータ入力およびパラメータ設定を行うことが出来ます。
投入するパイプラインに名称を付けるときは "Pipe Line Name"に入力します（非必須）
"sample01"と入力します。
パイプラインに投入する塩基配列の指定には"Upload Filename"に塩基配列ファイルをアップロードする方法と、Paste Boxに直接塩基配列を入力する方法の２つがあります。
今回はサンプルデータを使用して解析を行います。
"Sample data"をクリックするとPaste Boxに配列が入力されます。
投入する塩基配列が直鎖ゲノムの場合はLinearを、環状ゲノムの場合は"Circular"を選択します。
真性細菌由来の塩基配列を用いる場合は"Bacteria"を選択します。
"Run"をクリック。
"OK"をクリックして解析を開始します。
解析には数分かかります
"Pipe Line History"をクリックして解析結果を確認します。
"sample01左の+をクリックして解析結果を展開します。
パイプライン名をクリックすると解析結果の概要を確認することが出来ます。
入力配列に含まれるコンティグ数を示しています。
入力した塩基配列の長さを示しています。
ゲノムに含まれるCDS,tRNA,RBS,rRNAの総数を示しています。
MiGAPで使用されている解析プログラムを示しています。
"MiGAP_DEMO01"をクリックして解析結果の詳細を確認します。
矢印をクリックすると該当部分に存在するCDSが別ウィンドウで表示されます。
CDSの詳細が表示されました！
コーディングされるタンパク質の名称を示しています。
遺伝子シンボルを示しています。CDS領域に含まれる塩基配列を示しています。
翻訳後のアミノ酸配列を示しています。
"Homology Site:"の項目では入力塩基配列から作成されたペアワイズアラインメントの詳細を見ることが出来ます。
比較に用いたデータベースを示しています。
データベースの登録内容を示しています。
配列相同性を示しています。
アラインメントの長さを示しています。
アラインメント内のミスマッチの数を示しています。
アラインメントに含まれるギャップの数を示しています。
比較対象配列のコーディング領域の開始と終了を示しています。
比較対象配列全体におけるコーディング領域の開始部分と終了部分を示しています。
E-valueとBit scoreはどちらも配列相同性の指標として用いられている値です。
E-valueは現在のデータベースにおいて、全く偶然にbit値以上のスコアになる配列の本数の期待値です。
Bit scoreはアラインメント情報の統計から導き出されたスコアであり、値が高いほど相同であるといえます。 "Alignment"の項目の赤色部分は相同領域を示しています。
ペアワイズアラインメントを確認する場合は "Show"のボタンをクリックします。
ペアワイズアラインメントが表示されました！
ウィンドウを閉じてMiGAPの解析画面に戻ります。
最後に、今回使用したサンプルデータの解析結果をダウンロードします。
今回はCDS領域（fasta形式）と解析結果概要（CSV形式）をダウンロードします。
"result-na.fasta"をクリックし、保存します。
赤枠内の3ファイルも同様に保存します。
result.csvを右クリックし、"プログラムから開く"で 表計算ソフトを選択します。
"OK"をクリック。
"result-aa.fasta"をクリック。
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