JCGGDBは質量分析による糖鎖構造解析のスペクトルやレクチン-糖鎖相互作用のプロファイリング、糖鎖関連遺伝子など、糖鎖に関係するさまざまなデータベースを集めたウェブページです。
リンクはこのLSDBのページにあります。
JCGGDBへのリンクです。
JCGGDBのページです。
データベースへのリンクです。
さまざまなデータベースがあります。
今回は横断検索を通してJCGGDBにあるデータベースを紹介します。
横断検索のページです。
ここに検索したい単語を入力します。
検索結果が表示されました。
上から順に見ていきます。
まずは、Glycoforumです。
このように結果が一覧になっています。
ここで日本語に切り替えられます。
このように糖鎖に関連する記事が表示されます。
次は、GGDBを見てみます。
GlycoGene DataBaseには、糖鎖合成に関する遺伝子や酵素の基質特異性の情報が集めてあります。
リンクをクリックすると、NCBIのページに移動します。
今度はLfDBを紹介します。
Lectin Frontier DataBaseでは、キーワードに関連したレクチンのIDや名前、さまざまな角度から見た立体構造などが表示されます。
"Viewer"をクリックすると、ここでは、相互作用する糖鎖とその強さがグラフで示され、マウスを乗せるとその糖鎖構造を見ることができます。
"GlycanList"をクリックすると、調べた糖鎖のリストが表示されます。
GPDBをこれから説明します。
GlycoProtein DataBaseでは、C.eleganceとmouseのレクチンのN型糖鎖付加部位に関する情報を提供します。
次は、Glyco Epitopeです。
GlycoEpitopeには、糖鎖が関係する抗原、抗体についてさまざまな情報がまとめられています。
そして、LipidBankです。
LipidBankは、6000個の分子の情報を持ち、それぞれの脂質の名称やスペクトル分析、文献の情報などを提供します。
今度はJIGSDBです。
糖鎖構造を中心にした情報をまとめたカタログ形式のデータベースです。
ヒットしなかったデータベースに対するリンクがないので、検索語を変更して再検索します。
最後に、糖鎖構造を決定するうえで便利な多次元HPLCデータベースを紹介します。
糖鎖の構造式やその他の情報が表示されます。
おおもとのサイトへのリンクがないので、http://hplc.glycoanalysis.info/のページに移動します。
ページが表示されました。
糖鎖を多次元HPLCで流した結果が座標上にプロットされています。
クリックするとその座標に対応する糖鎖が表示されます。
この糖鎖に作用させる酵素を選択します。
クリックすれば、反応後の理論上の構造と多次元HPLCの座標が見られます。
統合TVは、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が発信する生命科学分野の有用なデータベース(DB)やウェブツールの活用法を動画で紹介するウェブサイトです。くわしくは はじめての方へ をご覧ください。ご意見、ご要望は、お問い合わせ からお願いします。TogoTV beta ('togo' means 'integration' in Japanese) is an archive of tutorial videos expounding how to use biological databases and tools. Although most of contents are currently depicted in Japanese, you can find English contents here. Please post any comments, suggestions, and requests at each content page, e-mail to the address described at the bottom of each page or contact form. This site is provided by Database Center for Life Science (DBCLS) and funded by MEXT Integrated Database Project in Japan.
