2010-06-18 はじめてのRefEx(Reference Expression dataset)

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RefEx(Reference Expression dataset) は、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)によるヒトやマウス遺伝子の解剖学的な発現パターンデータの統合サイトです。4種類の発現データ (EST, GeneChip, iAFLP, CAGE)に対して、NCBIのRefSeq(れふしーく)でデータを整理し、遺伝子発現データ解析のリファレンス(参照)データセットを維持すべく、開発を進めています。対象生物種はヒトとマウスのみですが、複数の手法による客観的な遺伝子発現データの比較が可能となっているのが特徴です。今回は、「検索」ボタンから「Descriptionから遺伝子ファミリー(Interpro ID)を検索」する機能を用いて、Wntスーパーファミリーを付与されたInterProのアノテーションの中から検索し(IPR005817 Wnt superfamily)、Wntファミリーに属する遺伝子群をその発現パターンと共に表示し可視化する方法を説明しています。なお、マップされる染色体の位置の順番に並び替えたり、ウェブブラウザの「文字を縮小」する機能を利用して発現パターンを俯瞰することができます。次に、嚢胞性線維症(「のうほうせいせんいしょう」と読みます)の責任領域としてしられている7q31.2領域のエントリを発現の高い順に表示する方法を紹介します。さらに、その中のNM_000245 met proto-oncogeneに関して遺伝子の情報の詳細(絶対発現量、相対発現量、3D人体マップ上での発現量のヒートマップ表示)をブラウズする方法を説明しています。

見どころダイジェスト

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2010.064

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