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2010-06-18

_ [Firefox][遺伝子][発現情報][可視化][DBCLS] はじめてのRefEx(Reference Expression dataset)

はじめてのRefEx(Reference Expression dataset)

RefEx(Reference Expression dataset) は、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)によるヒトやマウス遺伝子の解剖学的な発現パターンデータの統合サイトです。4種類の発現データ (EST, GeneChip, iAFLP, CAGE)に対して、NCBIのRefSeq(れふしーく)でデータを整理し、遺伝子発現データ解析のリファレンス(参照)データセットを維持すべく、開発を進めています。対象生物種はヒトとマウスのみですが、複数の手法による客観的な遺伝子発現データの比較が可能となっているのが特徴です。

今回は、「検索」ボタンから「Descriptionから遺伝子ファミリー(Interpro ID)を検索」する機能を用いて、Wntスーパーファミリーを付与されたInterProのアノテーションの中から検索し(IPR005817 Wnt superfamily)、Wntファミリーに属する遺伝子群をその発現パターンと共に表示し可視化する方法を説明しています。なお、マップされる染色体の位置の順番に並び替えたり、ウェブブラウザの「文字を縮小」する機能を利用して発現パターンを俯瞰することができます。

次に、嚢胞性線維症(「のうほうせいせんいしょう」と読みます)の責任領域としてしられている7q31.2領域のエントリを発現の高い順に表示する方法を紹介します。さらに、その中のNM_000245 met proto-oncogeneに関して遺伝子の情報の詳細(絶対発現量、相対発現量、3D人体マップ上での発現量のヒートマップ表示)をブラウズする方法を説明しています。

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Keywords: DBCLS,Reference,Expression,Transcriptome,human

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1. RefEx: Reference Expression Dataset - Human。(0分29秒)
  2. 2. 検索フォームを開く。(0分47秒)
  3. 3. 'wnt'で検索。(0分55秒)
  4. 4. wnt superfamily遺伝子のリスト。(1分15秒)
  5. 5. 染色体領域で眺める。(1分51秒)
  6. 6. 7q31.2にある遺伝子の発現パターン。(2分15秒)
  7. 7. 個々の遺伝子の情報(絶対発現量、相対発現量、3D人体マップ上での発現量のヒートマップ表示)。(2分27秒)

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