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2010-06-17

_ [NGS][DBCLS][ゲノム][配列解析][塩基配列] 今日からはじめるDDBJ Read Annotation Pipeline

今日からはじめるDDBJ Read Annotation Pipeline

DDBJ Read Annotation Pipeline国立遺伝学研究所DDBJが開発・提供している新型シーケンサの出力データを自動で解析してくれるツールです。

このツールの特徴として、

  1. ボタン操作とテキスト入力のみで解析可能
  2. 論文用の基本統計量や図を自動生成
  3. 国立遺伝学研究所のスーパーコンピュータを利用して高速化

などが挙げられます。

現在、Reference Genome Mappingとde novo Assembly解析を行なうことができます。今回の番組では、例としてコシヒカリ(Oryza sativa japonica)のデータを用いて、Reference Genome Mappingの方法を紹介しています。

Get the Flash Player to see this movie.この動画を再生するにはAdobe Flash Player (無料)が必要です

また、JavaScriptをOnにする必要があります。
Keywords: DDBJ Read Annotation Pipeline, genome, sequencer, next generation,
References: 19850725

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1. Pipelineにログインする 。(0分55秒)
  2. 2. 解析する配列を選択する。(2分16秒)
  3. 3. 解析する方法を選択する。(2分36秒)
  4. 4. 解析する配列のセットを指定する。(3分36秒)
  5. 5. リファレンスとするゲノムセットを指定する。(4分36秒)
  6. 6. 解析の進行状況を確認する。(5分57秒)

YouTube版はこちらです。


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