統合TV 統合TVは、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が発信する生命科学分野の有用なデータベース(DB)やウェブツールの活用法を動画で紹介するウェブサイトです。くわしくは はじめての方へ をご覧ください。ご質問、ご要望は、お問い合わせ もしくは ライフサイエンスQA からお願いします。TogoTV beta ('togo' means 'integration' in Japanese) is an archive of tutorial videos expounding how to use biological databases and tools. Although most of contents are currently depicted in Japanese, you can find English contents in TogoTV international. Please post any comments, suggestions, and requests at each content page, e-mail to the address described at the bottom of each page or contact form. This site is provided by Database Center for Life Science (DBCLS) and funded by MEXT Integrated Database Project in Japan.

新しい統合TVはこちらから!→ 統合TV

TogoTV international

TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

番組カテゴリ:BIRD | DBCLS | EMBOSS | English | Firefox | IE6 | IE7 | IE8 | JST | NGS | PC環境設定 | commons | macosx | presentaiton | presentation | safari | winxp | アミノ酸 | ゲノム | ソフトウェア | タンパク質 | パスウェイ解析 | ポータル | 二次構造 | 化合物 | 可視化 | 塩基配列 | 多型情報 | 家系図 | 文献検索 | 構造解析 | 疾患情報 | 発現情報 | 設計ツール | 辞書 | 遺伝子 | 配列解析 Search categories: DBCLS | EMBOSS | English | Firefox | IE6 | IE7 | IE8 | commons | macosx | presentation | safari | winxp | amino acid | genome | protein | pathway analysis | portal | gene | nucleotide sequence | chemical compound | visualization | dictionary | disease information | design tool | polymorphism information | secondary structure | sequence analysis | expression profile | literature search


2010-05-19

_ [winxp][ゲノム][遺伝子][塩基配列][配列解析] Website for Alternative Splicing Predictionの使い方

Website for Alternative Splicing Predictionの使い方

Website for Alternative Splicing Prediction は、DNA塩基配列上の"Splicing Code"という独自の判定基準と組織から得られた転写産物の情報を用いて、新規のエキソンやそれらを含む組織特異的なsplicingを予測するツールです。

このツールについては『Deciphering the splicing code』(スプライシングコードを解読する) というタイトルで2010年5月6日号のNatureに掲載されたものです。日本語要約(環境によってはNature日本語版へのログインが必要な場合があります。)はこちらです。

今回は、既に行われた予測結果を参照する方法と入力した塩基配列に対して新規に予測する方法について例を交えながら紹介します。

予測結果はUCSC Genome Browser で表示されます。このページの詳細な使い方は統合TVのUCSC Genome Browserの使い方 〜表示編 を参照してください。

画像をクリックすると動画が再生されます。

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1. 解析済みの予測結果を参照する。(1分37秒)
  2. 2. 予測結果の詳細を確認する。(2分50秒)
  3. 3. 遺伝子の名称から予測結果を参照する。(6分07秒)
  4. 4. DNA塩基配列から予測結果を参照する。(7分00秒)
  5. 5. DNA塩基配列から新規に予測する。(7分48秒)

YouTube版はこちらです。

Get the Flash Player to see this movie.この動画を再生するにはAdobe Flash Player (無料)が必要です

また、JavaScriptをOnにする必要があります。
Keywords: DNA,RNA,exon,intron,alternative,splicing,motif,prediction
References: 20445623


トップ «前の日記(2010-05-14) 最新 次の日記(2010-05-20)» 編集
Creative Commons License「統合TV」は、クリエイティブコモンズ・ライセンス(CC)表示 2.1 日本 のもとでライセンスされています。Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 2.1 Japan License
統合TVのQRコード
文部科学省委託研究開発事業「統合データベースプロジェクト」MEXT Integrated Database Project
大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 統合TVチームDatabase Center for Life Science (DBCLS), Research Organization of Information and Systems (ROIS)
サイトポリシーSite Policies