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2010-05-11

_ [winxp][Firefox][塩基配列][配列解析] Primer BLASTの使い方

Primer BLASTの使い方

Primer BLAST(ぷらいまーブラストと発音します)は、与えられた配列をPCRで増幅するためのPrimer設計ツールです。同様のツールとしてはPrimer3が挙げられますが、Primer BLASTの良いところはエキソン・イントロン境界を挟むよう指定できる点やPrimerの配列特異性をあらかじめ考慮して設計できる点、またその確認が同ツールの中でできる点などがあります。

ここでは、例としてヒトの脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR) gammaの塩基配列をサンプル配列として、設定可能なパラメータ項目の説明を交えながらPrimer BLASTの使い方を紹介します。

画像をクリックすると動画が再生されます。

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1. 設計するPrimerのテンプレートとパラメータを指定する。(0分40秒)
  2. 2. 設計したPrimerの詳細を見る。(5分02秒)
  3. 3. 設計済みの片側Primerから対応するPrimerとそれらの増幅領域を求める。(6分54秒)
  4. 4. 設計済みのPrimerの配列特異性を検証する。(7分46秒)

YouTube版はこちらです。

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