NCBI GEO(Gene Expression Omnibus)は、遺伝子発現バンクとして、主にマイクロアレイデータの受け皿となっています。

様々な種類の遺伝子発現データを受け入れるため、そのデータ単位が・データセット・サンプル・プラットフォームの3種類あることや、実験手法の多様さによって全体のデータの傾向を掴みづらいのも事実です。

そこで、この NCBI GEO を快適に使い、データの全容を俯瞰するための仕組み「遺伝子発現バンク(GEO)目次」、通称「GEO目次」が国立遺伝学研究所の大久保公策教授らによって開発され、現在DBCLSによって維持されています。

今回はその使い方の概略を紹介します。数多く登録されている遺伝子発現データの大まかな傾向をつかむのに役に立つことでしょう。

LSDBトップページの……

「遺伝子発現バンク(GEO)目次」のリンクをクリックします。

上のタブで大きく分類されています。

各カテゴリの括弧内の数字は、そのカテゴリの中のエントリ数です。

例えば、この場合ではGeneChipのデータセットが8,099個あるということです。

動物のデータでは測定サンプルが分類されており、プレビューできます。

各要素名をクリックすると、それぞれの要素でソートされた結果が表示されます。

要素名を再度クリックすると、昇順／降順が切り替わります。

この検索窓を使うと、キーワードで絞り込めます。

今回は、"hypoxia"で検索してみましょう。

検索結果は「ヒト」で34件、「GeneChip」で39件、……というようになっていることがわかります。

それぞれの項目をクリックすることで、更に絞り込むことができます。

「ヒト」をクリックしてみましょう。

"hypoxia"をキーワードに含むヒトのデータで、SAGE NlaIIIを用いたものは1件、GeneChipは20件……、のエントリがあるとわかります。

それぞれのリンクから、NCBI GEOの相当エントリにジャンプできます。

「登録データ全容」について見てみましょう。

このようにエントリが俯瞰できます。

各リンクをクリックすると、絞りこんだ結果だけを表示することができます。

「ヒト」かつ「GeneChip」の項目を見てみましょう。

各リンクをクリックすると、絞りこんだ結果だけを表示することができます。

このように、絞り込んだ結果が表示されます。

「国別登録データ分布」を見てみましょう。

どこの国のデータがどれくらい登録されているか表示されます。

Googleマップを使って、各国のエントリ数がグラフで表示されます。

先ほどと同様、項目名をクリックすることで絞り込むことができます。

「植物」についての日本のデータ量は世界で二位だとわかります。

「バクテリア」については六位です。

最後に、「登録データ推移」について見てみましょう。

登録データ量の推移が積み上げ折れ線グラフとして表示されます。

縦軸がデータ量、横軸が時間(年月)です。累積データではない点に注意してください。

生物種でわけたものと、測定方法で分けたものの二つのグラフが表示されます。

これまでと同様に、タブをクリックすると、そのカテゴリの内容のみ表示できます。

例えば、「植物」をクリックすると、植物のデータの特徴がわかります。生物種で絞り込んだので生物ディビジョンのグラフは単色になります。

同様に、「バクテリア」のタブをクリックすると、バクテリアのデータの特徴をつかむことができます。

GEO目次の使い方は以上です。GEOについては統合TVに他にも解説動画があります。適宜参考にしてみてください！