KazusaMartはかずさDNA研究所が提供するBioMartベースのクエリ指向型データ管理システムです。
KazusaMartではシアノバクテリアに特化した検索を行うことが出来ます。また、Gene Ontologyに対応しているので、Gene Ontology ID(GO Term ID)を検索に使うことも可能です。
GO Term IDはGene ontologyで調べることができます。http://www.geneontology.orgにアクセスしましょう。
Gene Ontologyのサイトが表示されました！では光合成に関連するGene Ontology IDを調べましょう。
"GO term or ID"をチェック
"photo synthesis"と入力します
"GO!"をクリック！
光合成に関連するIDの一覧が表示されました！
IDに対応する遺伝子の総数です
光合成(photo synthesis)を示すIDはGO:0015979であることが分かります。
IDのうち"0015979"の部分をコピーします。
コピー！
今度はCyanobase経由でKazusaMartにアクセスしてみましょう！
http://genome.kazusa.or.jp/cyanobaseと入力し、ENTER！
CyanoBaseのトップページです。
"KazusaMart"をクリック
"CHOOSE DATABASE"をクリック
プルダウンメニューからCyanoBase 1（Kazusa）を選択します。
"CHOOSE DATASET"をクリック
プルダウンメニューからSynechocystis sp. PCC 6803 を選択します。(ここでは画面から見切れています。）
"Count"をクリックすると条件に合致する遺伝子総数を得ることが出来ます。
3725個、出てきました。
この中からさらに目的の遺伝子の絞込みを行います。
ではFiltersをクリックし、検索結果の絞込みをしましょう！
"filters"をクリック
今回の絞込みには、先程調べたGene Ontology IDを用います。
"GENE ONTOLOGY"左の+をクリック
GO IDにチェックを入れ、右側のボックスに先程コピーしたIDを貼り付けます
続いて、"Attributes"をクリック！
ここでは、IDに対応した情報を指定できます。遺伝子のIDや名称を知りたい時はFeaturesにチェックを入れます。
"Count"をクリック
検索結果が3725から18まで絞られました！
"Result"をクリック
Synechocystisにおける光合成関与遺伝子の一覧が表示されました！
"Kazusa Gene ID"のカラムはcyanobaseにリンクされているので、リンク先からより詳細な情報を得ることも出来ます。
では、次にこれらの塩基配列を入手しましょう。
"Attributes"をクリック!
"Sequences"をクリック
"CDS"をチェック
Header Imformationでは配列情報に付加される各種アノテーション情報の取捨選択を行うことが出来ます。
今回は"Strand", "Kazusa Gene ID", "Gene Symbol", "Description", "Class", "Subclass"の６項目以外のチェックボックスをクリックし、チェックを外します。
"Results"をクリック
光合成関連遺伝子群の塩基配列が表示されました！
先程選択したアノテーション情報は塩基配列の上段に記載されています。今回は６種類のみチェックを入れてありますので、６つだけ表示されています。
各アノテーションは”｜”文字で区切られています。
重複している配列情報を検索結果から外したい場合は"Unique results only"にチェックを入れます。
最後に、今回入手した塩基配列情報の保存を行います。
プルダウンメニューから"File"を選択し、"Go"をクリック
"保存"をクリック
保存先を指定し"保存"をクリック
保存したファイル（fasta形式）は各種テキストエディタで開くことが出来ます。
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