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2009-12-22

_ [presentation][ゲノム][遺伝子][可視化][文献検索] 分子生物学会ワークショップ〜かずさアノテーションを用いた分散型ゲノムアノテーションの実証実験〜

かずさアノテーションを用いた分散型ゲノムアノテーションの実証実験

本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたワークショップ「ウエット研究者が情報技術的に自立するために:統合データベースプロジェクトからの提案」から、ライフサイエンス統合データベースセンターかずさDNA研究所 岡本忍 による「かずさアノテーションを用いた分散型ゲノムアノテーションの実証実験」をお送りします。

集合知を利用した分散型アノテーションの試み、特に遺伝子と文献情報を関連付ける Gene Indexing について、実際のアノテーションにかかった時間やコスト、得られた成果について紹介されています。また、Gene Indexing で得られた成果の応用例として、Cytoscape を使ったネットワークの表示や抽出、genoDive Pro/Eu を使ってゲノム上でアノテーション情報を俯瞰する例が紹介されています。

約14分です。

ニコニコ動画版はこちらです。

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Keywords: アノテーション、集合知、Gene Indexing、cytoscape、genodive、Synechocystis

スライドをクリックすると、その場面から動画をご覧になれます。

タイトル 昨今のゲノムアノテーション背景 中小規模なゲノムアノテーション KAZUSA Annotation による分散アノテーション実験-Gene Indexing 集合知:研究コミュニティー知識活用 IT:空間的、時間的な制約を減少させる DB:多様なアノテーション様式への対応 Gene Indexing 遺伝子と文献情報の関連づけ Gene Indexing 入力状況1 Gene Indexing 入力状況2 コスト 成果 Gene Indexing の結果で何ができるか CASE 1 Cytoscape Synechocystis sp. PCC6803 の遺伝子と文献のネットワーク デモ1:Cytoscape でネットワークを表示、注目している分子のネットワークを抽出する CASE 2 genoDive Synechocystis sp. PCC6803 のゲノムを genoDive で見る デモ2:genoDive を使ってゲノム上に文献情報、遺伝子発現情報、アノテーション情報を表示する まとめ 謝辞


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