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2010年10月4日(月)にライフサイエンス統合データベースセンター(東京大学本郷キャンパス内)にて統合データベース講習会: AJACS本郷7を、
5日(火)に東京大学本郷キャンパス武田先端知ビルにてシンポジウム「ライフサイエンスの未来へ〜10年先のデータベースを考える〜」を開催します

2009-12-22 このエントリーを含むブックマーク

_ [presentation][ゲノム][遺伝子][可視化][文献検索] 分子生物学会ワークショップ〜かずさアノテーションを用いた分散型ゲノムアノテーションの実証実験〜 del.icio.usに追加 はてなブックマークに追加 livedoor クリップに追加 Buzzurl に追加

かずさアノテーションを用いた分散型ゲノムアノテーションの実証実験

本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたワークショップ「ウエット研究者が情報技術的に自立するために:統合データベースプロジェクトからの提案」から、ライフサイエンス統合データベースセンターかずさDNA研究所 岡本忍 による「かずさアノテーションを用いた分散型ゲノムアノテーションの実証実験」をお送りします。

集合知を利用した分散型アノテーションの試み、特に遺伝子と文献情報を関連付ける Gene Indexing について、実際のアノテーションにかかった時間やコスト、得られた成果について紹介されています。また、Gene Indexing で得られた成果の応用例として、Cytoscape を使ったネットワークの表示や抽出、genoDive Pro/Eu を使ってゲノム上でアノテーション情報を俯瞰する例が紹介されています。

約14分です。

ニコニコ動画版はこちらです。

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Keywords: アノテーション、集合知、Gene Indexing、cytoscape、genodive、Synechocystis
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この作品は、クリエイティブ・コモンズ・ライセンスの下でライセンスされています
原著作者はライフサイエンス統合データベースセンターです Creative Commons License

スライドをクリックすると、その場面から動画をご覧になれます。

タイトル 昨今のゲノムアノテーション背景 中小規模なゲノムアノテーション KAZUSA Annotation による分散アノテーション実験-Gene Indexing 集合知:研究コミュニティー知識活用 IT:空間的、時間的な制約を減少させる DB:多様なアノテーション様式への対応 Gene Indexing 遺伝子と文献情報の関連づけ Gene Indexing 入力状況1 Gene Indexing 入力状況2 コスト 成果 Gene Indexing の結果で何ができるか CASE 1 Cytoscape Synechocystis sp. PCC6803 の遺伝子と文献のネットワーク デモ1:Cytoscape でネットワークを表示、注目している分子のネットワークを抽出する CASE 2 genoDive Synechocystis sp. PCC6803 のゲノムを genoDive で見る デモ2:genoDive を使ってゲノム上に文献情報、遺伝子発現情報、アノテーション情報を表示する まとめ 謝辞




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