2009-12-19 統計解析ソフト「R」の使い方 〜ヒートマップ編〜

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Rは、フリーウェアでオープンソースのデータ解析環境です。Rはデータの操作や計算、可視化のためのソフトが統合されたもので、それらのサンプルデータが豊富に用意されていることやそれらを対話的に実行できることが特徴です。また、Windows, MacOSX, Linux とマルチプラットホームで利用可能です。近年、生命科学分野のためのRパッケージプロジェクトである『BioConductor』が立ち上がり、多くの関連パッケージが配布されており、マイクロアレイデータなどの遺伝子発現プロファイルや質量分析データ、タンパク質相互作用データなどを解析するうえで、欠かせないものとなりつつあります。今回は東京大学大学院農学生命科学研究科の門田幸二さんが自身のHPで公開されている「(Rで)マイクロアレイデータ解析」の中の「作図 ヒートマップ(pseudo-color image) (package: stats; heatmap) 」という項目を例に、Rでヒートマップを作成する手順を紹介しています。この動画では門田さんが作成されたデータやソースコードをそのまま使用していますが、もちろん自分の実験データなども可視化することができます。データの加工や処理の方法も上記のサイトで詳しく解説されているのでぜひ参考にしてみてください。

見どころダイジェスト

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2009.114

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