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2009-09-03

_ [macosx][safari][アミノ酸][二次構造][タンパク質][構造解析] SOSUIとTMHMMを使って膜タンパク質の膜貫通領域を予測する

SOSUI

SOSUITMHMMは、アミノ酸配列を元に、膜タンパク質であるかどうかの判別や、膜貫通領域を予測するツールです。

SOSUIは配列相同性などを参照しない物理化学的な手法により、99%という高精度で膜タンパク質を判別することができます。 また、TMHMM (Transmembrane Hidden Markov Model) は、隠れマルコフモデルを使った膜貫通領域予測ツールです。

今回はウシロドプシン(Bovine Rhodopsin)のアミノ酸配列を例として、検索の方法を解説します。

画像をクリックするとFlash版のムービーが再生されます。

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