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TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

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2009-08-09

_ [winxp][可視化][発現情報][遺伝子][ゲノム] Spotfireを用いたマイクロアレイデータのゲノム上の位置情報による統合と可視化

spotfireCh

今回の統合TVでは、データ可視化ツールであるSpotfire DecisionSiteを用いたマイクロアレイ解析の一事例を紹介します。

概要としては、究極の物理地図であるゲノム配列(golden pathと呼ばれる)を元にして、ゲノム上での各遺伝子の位置情報をマイクロアレイデータと関連付けた後、トレリス(trellis)の機能を使って染色体ごとに分け、ゲノム上の位置の順番に並べて発現比のヒートマップ表示を行う、という流れです。

今回例として用いたデータは、BioGPSで閲覧できるマウスの各組織・細胞株のマイクロアレイデータ(GSE10246)です。

画像をクリックするとFlash版のムービーが再生されます。

Flashよりも高画質なQuickTimeムービー版はこちらをご覧下さい。

YouTube版はこちらです。

2006年当時に作成した解説PDF(クリックするとPDFが開きます)はこちらです。


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