今回は“The Arabidopsis Information Resource(TAIR)”を紹介します。
TAIRはArabidopsis thaliana(シロイヌナズナ)の総合的なゲノム情報データベースです。
ではさっそく“http://www.arabidopsis.org/”にアクセスしてトップページを表示しましょう。
トップページが表示されました。
“Search”は情報別の詳細検索サービスです。
“Browse”は情報別の一覧サービス。
“Tools”は主に配列を対象とした解析ツール。
“Stocks”は種子やDNAなどをリソースを配布しているストックセンターの情報。
“Portals”は情報ポータルです。
“Download”は配布ファイルのダウンロードです。
“Submit”はリソースや情報の登録です。
“News”はTAIRの更新情報やミーティング情報です。
様々な検索方法がありますが,上部の検索窓に遺伝子名やその翻訳産物名を入力すれば、ダイレクトに検索することができます。
ではここに“microtubule”と入力し、微小管に関する遺伝子を、キーワードで検索してみましょう。
このタブを開くと、サイト内の全検索やストック・ベクター情報に限定した検索など、目的に応じて制限をかけることが出来ます。
今回は遺伝子検索なので“Gene”を選択しましょう。
“Search”をクリック！
ページが表示されました！
遺伝子名などに“microtubule”を含む遺伝子座がピックアップされています。
これは遺伝子座をあらわしています。
“AT1G”は1番染色体に位置することを示し、“01950”は遺伝子のID番号です。
“Description”はこの遺伝子についての簡単な説明です。
これは遺伝子の予測構造を表すIDです。新しい配列解析結果が得られると、ピリオドから右の数値で01・02・・・のように表され、他の解析結果と混同しないようにされています。
ではより詳しくみてみましょう。
今回は“AT1G14840”を選んで、クリック！
ここをクリック！
ページが表示されました。
ここは前のページにもあった、遺伝子座や遺伝子の別名などの情報が載っています。
“Description”は遺伝子の説明です。
アノテーション情報はここに載っています。
“Annotation Detail”では、アノテーション情報の根拠となった論文情報を見ることができます。
ここをクリックしましょう！
ページが表示されました。
論文の情報を専門家が読み解き、TAIRのデータベースに反映させています。
これらの情報はTAIR自身によって
確認・登録されたものであり、信頼性の高いものであることが分かります。
アノテーションの中身や信頼性は どのサイトも同じではありません。
TAIRの質の高い情報は積極的に使い倒していきましょう！
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