2009-07-07 PyMOLを使い倒す

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PyMOLは、Pythonで書かれたオープンソースの分子ビューアです。PyMOLのインストールから基本的な使い方までは、「PyMOLの使い方(基本編)」をご覧下さい。今回は「PyMOLの使い方(応用編)」として、タンパク質の中から条件に合う原子を選択する方法、原子間の距離や角度・二面角を測る方法、アミノ酸を置換する方法を説明します。サリンは殺傷能力が非常に高い神経ガスの一種です。その作用機構は、アセチルコリンエステラーゼ(AChE)の活性部位にサリンが不可逆的に結合し、結果として神経伝達物質であるアセチルコリンの分解を阻害して、神経を麻痺させるというものです。今回例として用いている2WHPは、アセチルコリンエステラーゼの活性部位(Ser203)にサリン分子が結合したものです。このタンパク質内部のサリンに着目しながら、様々な方法で見て行きます。

見どころダイジェスト

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2009.064

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