PyMOLは、Pythonで書かれたオープンソースの分子ビューアです。PyMOLのインストールから基本的な使い方までは、「PyMOLの使い方（基本編）」をご覧下さい。今回は「PyMOLの使い方（応用編）」として、タンパク質の中から条件に合う原子を選択する方法、原子間の距離や角度・二面角を測る方法、アミノ酸を置換する方法を説明します。サリンは殺傷能力が非常に高い神経ガスの一種です。その作用機構は、アセチルコリンエステラーゼ(AChE)の活性部位にサリンが不可逆的に結合し、結果として神経伝達物質であるアセチルコリンの分解を阻害して、神経を麻痺させるというものです。今回例として用いている2WHPは、アセチルコリンエステラーゼの活性部位（Ser203）にサリン分子が結合したものです。このタンパク質内部のサリンに着目しながら、様々な方法で見て行きます。