2009-06-19 高速アラインメントツールBLATをプライマー設計支援ツールとして使い倒す2009

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BLAT(The BLAST-like Alignment Tool)は米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)にて開発された高速なアラインメントツールで、主に質問配列がゲノム配列中のどの部分にヒットするか(ゲノムランディング(genome landing)といいます)探索するのに用いられています。ここではヒトの脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) gammaの塩基配列をサンプル配列として、BLATをプライマー設計支援ツールとして使い倒す方法を紹介します。ちなみに今回紹介するのに使っているURLhttp://genome.brc.mcw.edu/cgi-bin/hgBlat はUCSC Genome Browserのミラーサイトの一つで Medical College of Wisconsin, Milwaukee, WIのURLで、本家は http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlatになります。

見どころダイジェスト

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2009.056

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