統合TV 統合TVは、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が発信する生命科学分野の有用なデータベース(DB)やウェブツールの活用法を動画で紹介するウェブサイトです。くわしくは はじめての方へ をご覧ください。ご質問、ご要望は、お問い合わせ もしくは ライフサイエンスQA からお願いします。TogoTV beta ('togo' means 'integration' in Japanese) is an archive of tutorial videos expounding how to use biological databases and tools. Although most of contents are currently depicted in Japanese, you can find English contents in TogoTV international. Please post any comments, suggestions, and requests at each content page, e-mail to the address described at the bottom of each page or contact form. This site is provided by Database Center for Life Science (DBCLS) and funded by MEXT Integrated Database Project in Japan.

新しい統合TVはこちらから!→ 統合TV

TogoTV international

TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

番組カテゴリ:BIRD | DBCLS | EMBOSS | English | Firefox | IE6 | IE7 | IE8 | JST | NGS | PC環境設定 | commons | macosx | presentaiton | presentation | safari | winxp | アミノ酸 | ゲノム | ソフトウェア | タンパク質 | パスウェイ解析 | ポータル | 二次構造 | 化合物 | 可視化 | 塩基配列 | 多型情報 | 家系図 | 文献検索 | 構造解析 | 疾患情報 | 発現情報 | 設計ツール | 辞書 | 遺伝子 | 配列解析 Search categories: DBCLS | EMBOSS | English | Firefox | IE6 | IE7 | IE8 | commons | macosx | presentation | safari | winxp | amino acid | genome | protein | pathway analysis | portal | gene | nucleotide sequence | chemical compound | visualization | dictionary | disease information | design tool | polymorphism information | secondary structure | sequence analysis | expression profile | literature search


2009-04-17

_ [遺伝子][発現情報] ArrayExpressを使い倒す2 Atlas of Gene Expressionを使って遺伝子発現状況を調べる

ArrayExpressを使い倒す2 Atlas of Gene Expressionを使って遺伝子発現状況を調べる

ArrayExpressEuropean Bioinformatics Institute (EBI)が提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。

ArrayExpressは、以前紹介したNCBI GEOと双璧をなすデータベースで、主にマイクロアレイ実験で得られたデータが2009年4月8日現在、7,886実験分(233,221枚のマイクロアレイ)のデータが蓄積されています。それらの中から、自分の興味のある発現データセットや遺伝子プロファイルを検索することができるだけでなく、それらの生データを自由にダウンロードすることが可能です。

今回は、Atlas of Gene Expressionを使って、様々な実験条件における興味のある遺伝子の発現状況の高低を、グラフや色の濃淡で表示することにより、分かりやすく閲覧できる方法を紹介しています。例として、筋分化決定因子である"myogenic differentiation 1(myod)"の遺伝子発現状況を検索しました。

※動画にはBGM音声が付与されていますので、閲覧の際にはご注意ください。

YouTube版はこちらです。

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1.遺伝子名で遺伝子発現を検索する (48秒)
  2. 2.特定の部位での遺伝子発現の詳細を見る (2分35秒)
  3. 3.部位を限定して遺伝子発現を調べる (2分56秒)
  4. 4.生物種ごとに調べた遺伝子の発現の詳細を見る(3分25秒)
Get the Flash Player to see this movie.この動画を再生するにはAdobe Flash Player (無料)が必要です

また、JavaScriptをOnにする必要があります。
Keywords: KEYWORDS
 


トップ «前の日記(2009-04-15) 最新 次の日記(2009-04-22)» 編集
Creative Commons License「統合TV」は、クリエイティブコモンズ・ライセンス(CC)表示 2.1 日本 のもとでライセンスされています。Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 2.1 Japan License
統合TVのQRコード
文部科学省委託研究開発事業「統合データベースプロジェクト」MEXT Integrated Database Project
大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 統合TVチームDatabase Center for Life Science (DBCLS), Research Organization of Information and Systems (ROIS)
サイトポリシーSite Policies