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2009-04-15

_ [macosx][safari][タンパク質][構造解析] Jpredを使ってタンパク質の二次構造予測をする2009

jpred

Jpredは、複数の相補的な二次構造予測の結果を統合して、それにマルチプルアラインメントの情報を追加することで二次構造予測を行うことができるツールで、英国のDundee大学が提供しています。

このツールの特徴として、二次構造予測を行う前に質問配列と相同な配列を持つタンパク質が立体構造データベースにすでに存在するかを調べることが可能で、Jpredを使って二次構造予測をする必要があるかを前もって知ることができます。また、二次構造予測結果はJavaによるマルチプルアラインメントエディター/ビューワーとして有名なJalviewで表示することもできます。今回は、ロドプシンのアミノ酸配列を使って説明しています。

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