2009-02-25 Biomartを使い倒すマイクロアレイprobeIDの対応表を作る

YouTube版を視聴できない方はオリジナル版ファイル(mov形式)をダウンロードして、ご覧ください。

Biomartは、the Ontario Institute for Cancer Research (OiCR)the European Bioinformatics Institute (EBI) が共同で開発しているクエリ指向型データ管理システムです。これを使うといろいろなことができますが、今回は以前にも紹介しましたIDの対応表を作成するやり方を2009年2月25日現在の最新のBiomartのウェブインターフェースで再度紹介しています。 具体的には、BioMart Central Portalを使って、Affymetrix mouse430 2のマイクロアレイにある遺伝子セットに絞り込んでから、Ensembl Gene IDを介して Agilent ProbeID とRefSeq ID とを対応づけた表を作成し、タブ区切りテキストにしてダウンロードする手順を紹介しています。その過程で結果に含めるカラム(列)を推敲するのがこのBiomartでは容易にできることも紹介しています。作成した表はAffymetrixとAgilentのマイクロアレイのプローブIDの対応表となります。

見どころダイジェスト

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2009.016

こちらの番組もオススメ

    キーワードをクリックすると関係する動画・講習会資料・新着論文レビューが表示されます

    • データベース
    • ゲノム
    • 遺伝子
    • 発現解析
    • 塩基配列

    発表スライドやポスターの作成に便利なフリー画像もあります