Biomartを使い倒すマイクロアレイprobeIDの対応表を作る

Biomartは、the Ontario Institute for Cancer Research (OiCR)the European Bioinformatics Institute (EBI) が共同で開発しているクエリ指向型データ管理システムです。これを使うといろいろなことができますが、今回は以前にも紹介しましたIDの対応表を作成するやり方を2009年2月25日現在の最新のBiomartのウェブインターフェースで再度紹介しています。 具体的には、BioMart Central Portalを使って、Affymetrix mouse430 2のマイクロアレイにある遺伝子セットに絞り込んでから、Ensembl Gene IDを介して Agilent ProbeID とRefSeq ID とを対応づけた表を作成し、タブ区切りテキストにしてダウンロードする手順を紹介しています。その過程で結果に含めるカラム(列)を推敲するのがこのBiomartでは容易にできることも紹介しています。作成した表はAffymetrixとAgilentのマイクロアレイのプローブIDの対応表となります。

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