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2009-02-18

_ [Firefox][macosx][遺伝子][発現情報][可視化][DBCLS] ヒト統合ボディーマップ 2.染色体領域で眺める、他

ヒト統合ボディーマップ 2.染色体領域で眺める、他

ヒト統合ボディーマップは、国立遺伝学研究所大久保研究室によるヒト遺伝子の解剖学的な発現パターンデータの統合サイトです。統合データベースプロジェクトの成果の一つ(平成18年度)で、統合ホームページの「H18年度成果公開サイト」から辿れます。5種類のヒト発現データ (iAFLP, Affymetrix GeneChip, EST, SAGE-NCBIのタグマップ, SAGE-大久保研独自タグマップ)に対して対応するNCBIのUniGene(ユニジーン)でデータを整理しました。対象生物種はヒトのみですが、複数の手法による客観的な遺伝子発現データの比較が可能です。

前回「ヒト統合ボディーマップ1.発現パターンから探す」に引き続き、今回は「染色体領域で眺める」機能を使い倒す方法ほかを紹介しています。

  1. まず、統合ホームページの横断検索で「嚢胞性線維症」(「のうほうせいせんいしょう」と読みます)で検索し責任領域をOMIM(Online Mendelian Inheritance in Man; 「おーみむ」と読みます)のエントリから読み取り、その結果を利用してその領域のエントリを発現の高い順に表示する方法を紹介します。さらに、その中で一番発現の高い嚢胞性線維性膜貫通調節因子(CFTR)に関してその発現データの詳細をブラウズする方法を説明しています。
  2. 次に「遺伝子ファミリーで眺める」方法を、Wntファミリーを例として、付与されたInterProのアノテーションの中から検索し(IPR005817 Wingless-type MMTV integration site family)、Wntファミリーに属する遺伝子群をその発現パターンと共に表示し可視化する方法を説明しています。マップされる染色体の位置の順番に並び替えたり、ウェブブラウザの「文字を縮小」する機能を利用して発現パターンを俯瞰することができます。
  3. 最後に「機能で眺める」方法を、転写因子をコードしている遺伝子群を、付与されたGene Ontologyのアノテーションの中から検索し(GO:0003700 transcription factor activity)、その発現パターンと共に表示する例で紹介しています。特に3D人体マップで可視化された発現パターンを見ることでその転写因子の発現パターンの特徴がつかめます。また単純に'transcription factor'で検索するよりもGene Ontologyのアノテーションを利用した方がより多くの結果が得られることもこの例では示しています。

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