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2009-02-10

_ [Firefox][macosx][遺伝子][発現情報][配列解析][可視化] Bodymap-XSを使い倒す

Bodymap-XSを使い倒す

Bodymap-XS(ボディーマップエックスエスもしくはボディーマップクロススピーシーズ: 2014年6月現在サービス終了しています。関連する後継サービスとしてRefExがあります。)は、国立遺伝学研究所大久保研究室による分類学と解剖学による動物のESTカウント数データの統合サイト(taxonomical and anatomical breakdown of latest animal EST data)です。NCBI UniGene(ユニジーン)の目次のようなサービスですが、分類学的指標としてはNCBI Homologene(ホモロジーン)ではなくInparanoid(インパラノイド)データベースから取得したオーソログデータ(Eukaryotic Ortholog Groups)を利用し、独自に構築した階層的な解剖学的分類によってデータが整理されています。遺伝子発現データとしてEST配列データのみが使われていますが、複数の生物種(動物)のカウンターパート遺伝子の発現パターンの比較が可能となっています。

以前「ヒト統合ボディーマップ 1.発現パターンから探す」で取り上げたクレアチンキナーゼ(Creatine Kinase、略してCKとよく血液検査の結果などで呼称されます)を例として、さまざまな生物種のクレアチンキナーゼのオーソログのESTカウント数をその発現データとしてブラウズする方法を説明しています。さらに、配列類似性検索(BLASTP)を併用してオーソログと判定されなかったものの配列相同性のあると考えられるものも合わせてブラウズする方法も説明しています。

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