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2009-02-04

_ [Firefox][macosx][遺伝子][発現情報][可視化][DBCLS] ヒト統合ボディーマップ 1.発現パターンから探す

ヒト統合ボディーマップ 1.発現パターンから探す

ヒト統合ボディーマップは、国立遺伝学研究所大久保研究室によるヒト遺伝子の解剖学的な発現パターンデータの統合サイトです。統合データベースプロジェクトの成果の一つ(平成18年度)で、統合ホームページの「H18年度成果公開サイト」から辿れます。5種類のヒト発現データ (iAFLP, Affymetrix GeneChip, EST, SAGE-NCBIのタグマップ, SAGE-大久保研独自タグマップ)に対して対応するNCBIのUniGene(ユニジーン)でデータを整理しました。対象生物種はヒトのみですが、複数の手法による客観的な遺伝子発現データの比較が可能です。

今回は「発現パターンから探す」機能を使って、全体のクラスタリング結果のヒートマップイメージから筋で特徴的に発現の高い遺伝子を視覚的に選んでリストを表示し(そしてそのリストを染色体上の位置でソートしてみたりもし)、その中で(ESTカウント数で)二番目に発現量が多かったクレアチンキナーゼ(Creatine Kinase、略してCKとよく血液検査の結果などで呼称されます)に関してその発現データの詳細をブラウズする方法を説明しています(一番目はミオシンでしたが、5種類の発現測定結果がそろっていなかったたので二番目のクレアチンキナーゼで説明しました)。

画像をクリックすると動画が再生されます。

Flashよりも高画質なQuickTimeムービー版はコチラをご覧下さい。

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