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TogoTV international

TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

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2008-12-28

_ [PC環境設定][macosx][アミノ酸][塩基配列][配列解析] Local blast の使い方〜オプションを使った検索編〜

blast

本日の統合TVは、自分のコンピュータでBLAST検索を実行する方法を紹介します。

現在、さまざまなデータベースに対してウェブ経由でBLAST検索を実行できます。しかしながら、実行速度が遅かったり、大量に検索すると怒られたり、自分の望むデータベースがなかったりする場合があります。また、まだ公開していない配列データに対してBLAST検索を実行したい場合もあるかもしれません。そんなときには、自分のコンピュータにBLASTをインストールして、ローカルでBLAST検索を実行してしまいましょう!

今回は最終回、さまざまなオプションを使って検索結果をしぼったり、表示形式を変更したりする方法について紹介します。

コンピュータ系の専門用語は、動画ではとても説明しきれないので、Google先生に尋ねるなどしてください。

画像をクリックするとFlash版のムービーが再生されます。

Flashよりも高画質なQuickTimeムービー版はこちらをご覧下さい。YouTube版はこちら

  

オプションの例

オプション 概要
-b 整数 アラインメントの数を指定
-e 実数 E-valueの閾値を設定(設定値以下のE-valueをもつヒットのみ出力される)
-F T/F 低複雑度領域フィルタを使用する(T)かしないか(F)。指定しなければ自動的に -F T が指定される
-v 整数 結果リストに出力されるヒット数の指定
-m 9 タブ区切りテキストとして出力する
-T T/F HTMLを出力する(T)かしないか(F)。指定しなければ自動的に -T F が指定される

このほかにもいろいろあります。この本に詳しく載っています

 

「local BLAST の使い方」シリーズ(全5回)


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