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2008-12-27

_ [PC環境設定][macosx][アミノ酸][塩基配列][配列解析] Local blast の使い方〜検索実行編〜

blast

本日の統合TVは、自分のコンピュータでBLAST検索を実行する方法を紹介します。

現在、さまざまなデータベースに対してウェブ経由でBLAST検索を実行できます。しかしながら、実行速度が遅かったり、大量に検索すると怒られたり、自分の望むデータベースがなかったりする場合があります。また、まだ公開していない配列データに対してBLAST検索を実行したい場合もあるかもしれません。そんなときには、自分のコンピュータにBLASTをインストールして、ローカルでBLAST検索を実行してしまいましょう!

今回はその第四弾、いよいよBLAST検索を実行する方法について紹介します。前回作成した酵母のアミノ酸配列データベースに対して、サンプル配列と類似の配列を検索しています。

コンピュータ系の専門用語は、動画ではとても説明しきれないので、Google先生に尋ねるなどしてください。

画像をクリックするとFlash版のムービーが再生されます。

Flashよりも高画質なQuickTimeムービー版はこちらをご覧下さい。YouTube版はこちら

 

blast検索のコマンド例

blastall -p blastp -d yeast.aa -i test.txt -o test.out

 

-pオプションで指定できるプログラム

program 入力 DB 概要
blastn DNA塩基配列 DNA塩基配列 入力配列(DNA塩基配列)と類似のDNA塩基配列を検索
blastp アミノ酸配列 アミノ酸配列 入力配列(アミノ酸配列)と類似のアミノ酸配列を検索
blastx DNA塩基配列 アミノ酸配列 入力DNA塩基配列をアミノ酸に翻訳して、類似のアミノ酸配列を検索
tblastn アミノ酸配列 DNA塩基配列 DNA塩基配列のデータベースをアミノ酸配列に翻訳したものに対して、入力アミノ酸配列と類似の配列を検索
tblastx DNA塩基配列 DNA塩基配列 入力配列、データベースともにアミノ酸配列に翻訳して、類似の配列を検索

 

「local BLAST の使い方」シリーズ(全5回)


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