2008-12-26 Local blast の使い方〜データベース準備編〜

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本日の統合TVは、自分のコンピュータでBLAST検索を実行する方法を紹介します。 現在、さまざまなデータベースに対してウェブ経由でBLAST検索を実行できます。しかしながら、実行速度が遅かったり、大量に検索すると怒られたり、自分の望むデータベースがなかったりする場合があります。また、まだ公開していない配列データに対してBLAST検索を実行したい場合もあるかもしれません。そんなときには、自分のコンピュータにBLASTをインストールして、ローカルでBLAST検索を実行してしまいましょう! 今回はその第三弾、 BLAST検索用のデータベース作成方法について紹介します。BLASTでは検索を高速化するために formatdb というコマンドを使って、マルチファスタの配列ファイルをBLAST専用のファイルに変換する必要があります。

見どころダイジェスト

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2008.083

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