tRNADB-CEとは、3種類のtRNA遺伝子予測プログラムを用いて、広範な生物ゲノムからtRNA遺伝子の候補を網羅的に探索し、プログラム間で相異のあるケースについてはシニア世代の専門家がマニュアルにより精査した結果が収録されているtRNA遺伝子データベースです。

以下のURLからアクセスすることができます。

(http://trna.nagahama-i-bio.ac.jp/)

トップページにて各種データベース検索が可能です。

【Data List】

生物系統ならびに生物種情報に基づく検索・データ閲覧

【BLASTN/Pattern Search】

配列相同性検索ならびに配列パターン検索によるデータ閲覧

【tRNA gene data download】

データベースに収録されているtRNA遺伝子データをダウンロードできます。

【Data List】

生物系統ならびに生物種情報に基づく検索・データ閲覧

ここではデータベースに登録されているゲノムの種類・ゲノム数・tRNA遺伝子配列数が記載されています。

ゲノム数を示す数字をクリックすると、生物系統の一覧が表示されます。

ここでは生物種名による検索が可能です。検索結果は赤色で強調表示されます。

『Anticodon』アンチコドン別のtRNA遺伝子数やコドン使用頻度の表を確認できます。

『tRNA gene List』こちらをクリックすると、その生物系統・生物種のｔRNA遺伝子一覧が表示されます。

特定の生物種にチェックを入れ、各ボタンをクリックすることで様々な処理が可能です。

『FASTA』『TAB』それぞれの形式で配列データをダウンロードする事ができます。

『ClustalW』チェックした生物種に対してのマルチプルアラインメントおよび系統樹作成が実行できます。

『The reliable tRNA genes』信頼性の高いデータのみを出力

『All candidate tRNA genes』全登録データを出力

『Search neighboring tRNA genes』±100bp以内に隣接するtRNAを抽出します。

『View anticodon table』アンチコドン表を表示します。

Sequence IDをクリックすると、ｔRNA遺伝子の詳細情報(位置情報・アミノ酸種・アンチコドン・クローバー葉構造など)が表示されます。

『Search identical group』このtRNA遺伝子を完全一致するｔRNAが検索できます。

『Intron』イントロンの開始・終了位置を表示します。

『KEGG DAS/Entrez』それぞれのデータベースで提供されているｔRNA遺伝子のゲノム上での位置情報の詳細を表示します。

【Keyword Search】キーワードによる検索・データ閲覧

生物種名・アミノ酸種・アンチコドン・配列ID・ゲノムIDを検索項目として・・・・

完全長（Complete）・ドラフトゲノム（Draft）・環境由来DNA配列群（ENV）を対象にキーワード検索をすることができます。

『Advanced Search』項目ごとにキーワード入力やAND/OR選択もできるようになり、より詳細な検索が可能となります。

【BLASTN/Pattern Search】配列相同性ならびに配列パターンによる検索・データ閲覧

完全長（Complete）・ドラフトゲノム（Draft）・環境由来DNA配列群（ENV）を対象にした配列相同性検索やオリゴヌクレオチドによる配列パターン検索が可能です。

『BLASTN』配列相同性検索を行います。

配列を選択し、配列ダウンロードやマルチプルアラインメント（ClustalW）を実行する事ができます。

『include Query Sequence』にチェックを入れると、選択した配列にクエリ一配列を加えてClustaIWを実行する事ができます。

『Pattern』ｔRNA遺伝子クローバー葉構造の各シテム・ループを対象にした配列パターン検索を行います。

核酸(A,C,G,T)以外にもプリン（Ｒ）、ピリミジン(Y)、ワイルドカード(N)を入力文字として使用可能です。

出力結果はｔＲＮＡ遺伝子一覧リスト形式で閲覧する事ができます。