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TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

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2008-10-04

_ [winxp][IE7][発現情報][ポータル][文献検索] 遺伝子発現プロファイルデータベースBioGPSを使い倒す

 遺伝子発現プロファイルデータベースBioGPSを使い倒す 2011

BioGPS(「バイオジーピーエス」と読みます)はAffymetrix社製のマイクロアレイであるGeneChipを用いたヒト、マウス、ラットのさまざまな組織や細胞(株)における遺伝子発現プロファイルのデータベースです。このデータベースは昨年の番組でも紹介したGNF SymAtlasのメジャーアップデート版です。

今回から新たにマウスのMOE430アレイなどのデータが追加され、検索できる遺伝子の数や対象となる組織や細胞(株)の種類が拡充されています。また、マウスのエキソンアレイのデータも参照することが可能で、遺伝子のスプライシングバリアント(Splicing variant)の発現状況も調べることができます。さらに、検索した遺伝子に対して、種々の外部のデータベースに横断検索した結果を表示することができます。

親切な方がBioGPS(SymAtlas)に登場する組織名の日本語訳の一覧表を作ってくれました。とても参考になります!(090603追記)

画像をクリックすると2011年作成の最新版が再生されます。

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また、JavaScriptをOnにする必要があります。
Keywords: biogps,gene expression,database,profile

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1. BioGPS で遺伝子を検索する。(20秒)
  2. 2. 発現強度のグラフを活用する。(1分40秒)
  3. 3. マウスの発現データを見る。(3分6秒)
  4. 4. 外部のデータベースを見る。(4分25秒)

YouTube版はこちらです。


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