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2008-06-23

_ [macosx][Firefox][DBCLS][可視化][発現情報] 遺伝子発現バンク(GEO)目次を使い倒す−その壱

 遺伝子発現バンク(GEO)目次を使い倒す 2010

NCBI GEO(Gene Expression Omnibus)は、遺伝子発現バンクとして、主にマイクロアレイデータの受け皿となっています。様々な種類の遺伝子発現データを受け入れるため、そのデータ単位がデータセット(研究・目的ごとにまとめられた発現データの集合 (発現データマトリクス))、サンプル(測定に附された生体試料)、プラットフォーム(発現定量のための測定プロトコル)の3種類あることや、実験手法の多様さによって全体のデータの傾向を掴みづらいのも事実です。

そこで、この NCBI GEO を快適に使い、データの全容を俯瞰するための仕組み「遺伝子発現バンク(GEO)目次」、通称「GEO目次」国立遺伝学研究所の大久保公策教授らによって開発され、現在DBCLSによって維持されています。今回はその使い方の概略を紹介します。数多く登録されている遺伝子発現データの大まかな傾向をつかむのに役に立つことでしょう。

なお、NCBI GEO に関しては統合TVの番組「NCBI GEO 字幕入り版」をご覧ください。

画像をクリックすると2010年作成の最新版が再生されます。

Flashよりも高画質なQuickTimeムービー版はこちらをご覧下さい。youtube版はこちら


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