UCSC Table Browserを使い倒す

Table Browserは、米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているUCSC Genome Browser の中のコンテンツの一つです。他のコンテンツとしては以前の番組でも紹介した高速アラインメントツールBLATGene Sorterなどがあります。Table Browserは、UCSC Genome Browserで閲覧可能なゲノムアノテーションから独自の基準でフィルターをかけ、欲しいデータだけに絞り込んで閲覧することができるサービスです。以前に統合TVの番組でも紹介したBioMartとやれることは似ています。今回の番組では、UCSC Genome Browserで提供している転写因子結合サイト(TFBS: Transcription Factor Binding Site)の情報からエストロゲン受容体α(ER-alpha)の結合サイトのみ選んだ上で、sno/miRNAの遺伝子コード領域と重なるものだけを抽出してきてそのゲノム上の領域をUCSC Genome Browserで閲覧するまでのウェブブラウザー上での解析フローを説明しています。

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080502UCSCTableBrowser.mov

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