2008-05-02 UCSC Table Browserを使い倒す

YouTube版を視聴できない方はオリジナル版ファイル(mov形式)をダウンロードして、ご覧ください。

Table Browserは、米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているUCSC Genome Browser の中のコンテンツの一つです。他のコンテンツとしては以前の番組でも紹介した高速アラインメントツールBLATGene Sorterなどがあります。Table Browserは、UCSC Genome Browserで閲覧可能なゲノムアノテーションから独自の基準でフィルターをかけ、欲しいデータだけに絞り込んで閲覧することができるサービスです。以前に統合TVの番組でも紹介したBioMartとやれることは似ています。今回の番組では、UCSC Genome Browserで提供している転写因子結合サイト(TFBS: Transcription Factor Binding Site)の情報からエストロゲン受容体α(ER-alpha)の結合サイトのみ選んだ上で、sno/miRNAの遺伝子コード領域と重なるものだけを抽出してきてそのゲノム上の領域をUCSC Genome Browserで閲覧するまでのウェブブラウザー上での解析フローを説明しています。

見どころダイジェスト

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2008.023

こちらの番組もオススメ

    キーワードをクリックすると関係する動画・講習会資料・新着論文レビューが表示されます

    • ゲノム
    • 遺伝子
    • 配列解析
    • UCSC
    • 転写因子

    発表スライドやポスターの作成に便利なフリー画像もあります