2008-05-01 Ensembl tips 〜Ensembl Archivesを使い倒す〜

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Ensemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。 第五弾の今回は、Ensemblの古いバージョン(Ensembl Archives)を閲覧する方法について紹介しています。 Ensembl のバージョンとゲノム配列のバージョンの違いは混同しやすいですが、ゲノム配列を使ったデータベースやアノテーションはどのバージョンのゲノム配列に対応しているかが非常に重要です。DBCLSで提供しているゲノムアノテーションをDAS(Distributed Annotation System)を用いてEnsemblに追加して表示する方法については前々回の放送で紹介しましたが、その中にはマウスゲノムの一つ前のバージョンであるNCBI m36に対応づけたFANTOM3のcDNAセットがあります。このようなデータをEnsembl上で閲覧したいときなどはEnsembl Archivesを使う必要があります。

見どころダイジェスト

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2008.022

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