統合TVは、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が発信する生命科学分野の有用なデータベース(DB)やウェブツールの活用法を動画で紹介するウェブサイトです。くわしくは はじめての方へ をご覧ください。ご質問、ご要望は、お問い合わせ もしくは ライフサイエンスQA からお願いします。TogoTV beta ('togo' means 'integration' in Japanese) is an archive of tutorial videos expounding how to use biological databases and tools. Although most of contents are currently depicted in Japanese, you can find English contents in TogoTV international. Please post any comments, suggestions, and requests at each content page, e-mail to the address described at the bottom of each page or contact form. This site is provided by Database Center for Life Science (DBCLS) and funded by MEXT Integrated Database Project in Japan.
TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)
Ensemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteとEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。
第五弾の今回は、Ensemblの古いバージョン(Ensembl Archives)を閲覧する方法について紹介しています。
Ensembl のバージョンとゲノム配列のバージョンの違いは混同しやすいですが、ゲノム配列を使ったデータベースやアノテーションはどのバージョンのゲノム配列に対応しているかが非常に重要です。
DBCLSで提供しているゲノムアノテーションをDAS(Distributed Annotation System)を用いてEnsemblに追加して表示する方法については前々回の放送で紹介しましたが、その中にはマウスゲノムの一つ前のバージョンであるNCBI m36に対応づけたFANTOM3のcDNAセットがあります。
このようなデータをEnsembl上で閲覧したいときなどはEnsembl Archivesを使う必要があります。
画像をクリックすると2010年作成の最新版が再生されます。
YouTube版はこちらです。
「統合TV」は、クリエイティブコモンズ・ライセンス(CC)表示 2.1 日本 のもとでライセンスされています。