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2008-03-17

_ [winxp][IE7][遺伝子][発現情報][塩基配列] UCSC Gene Sorterを使って遺伝子間の関連性を探索する

geneSorter

UCSC Gene Sorterは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているUCSC Genome Browser の中のコンテンツの一つです。他のコンテンツとしては以前の番組でも紹介した高速アラインメントツールBLATなどがあります。

UCSC Gene Sorterは、興味のある遺伝子周辺もしくは遺伝子同士の関連性を、UCSC Genome Browserが持つさまざまなデータを文字通り「ソート」することによって容易に探索することができるツールです。関連性のある遺伝子をリストアップした後、それらの遺伝子に関するIDや配列をまとめて取得することができます。今回は、脂肪細胞のマーカーとして用いられることの多いFABP4(Fatty Acid Binding Protein 4)を例にして使い方を説明しています。

画像をクリックすると2009年作成のムービーが再生されます。

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