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2007-12-27

_ [winxp][IE7][遺伝子][配列解析] DBTSSを使って遺伝子の発現制御領域(プロモーター領域)を調べる

DBTSSを使って遺伝子の発現制御領域を調べる。

DBTSSは、最新の完全長cDNA配列、またその配列から明らかになった転写開始点およびプロモーター領域の情報を公開しているデータベースです。

2007年12月現在、約15000種類のヒト遺伝子やほぼ同数のマウス遺伝子、その他のいくつかの生物種の遺伝子の転写開始点の情報を閲覧することができます。また最近のアップデートで、次世代高性能シーケンサーであるSolexaを用いてMCF7(ヒト乳癌細胞株)とHEK293(ヒト胎児腎細胞株)から得られたデータが閲覧可能であり、より詳細に遺伝子の転写開始点およびプロモーター領域を調べることができます。

今回は、今話題のiPS細胞を樹立するのに必要とされる4遺伝子のうちの1つであるSOX2 (sex determining region Y box 2)を例にして説明しています。

画像をクリックすると2010年作成の最新版が再生されます。

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Keywords: DBTSS,transcription,tss,データベース,転写開始点,シークエンス,次世代シークエンサ,

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1. データベース検索の方法(34秒)
  2. 2. 他のツールの紹介(4分34秒)
  3. 3. 次世代シーケンサーのデータを読む(6分24秒)

YouTube版はこちらです。


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