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2007-09-27

_ [macosx][safari][発現情報][塩基配列][ゲノム] 遺伝子発現パターンが似ている遺伝子群のゲノム上流配列を一気に取得する

遺伝子発現パターンが似ている遺伝子群のゲノム上流配列を一気に取得する

今回は、数回前の番組「Ensemblゲノムブラウザを使って遺伝子を眺める」(2007年9月12日放送)の最後の「そこでBioMartですよ!」を受ける形で、望みの配列情報を取得する方法を紹介しております。ただ、それだけでは生物学的におもしろくないので、以前に紹介したGNF Symatlas(2007年8月16日放送)を用いて脂肪細胞のマーカーとして用いられることの多いFABP4(Fatty Acid Binding Protein4)の発現パターン(発現プロファイル、発現プロフィールも同じ)を調べ、それと似た発現パターン(=脂肪細胞で発現が高い)を持つ遺伝子をリストアップします。それらの遺伝子のゲノム上の上流配列をEnsemblのBioMartを用いて一気に取得する方法を紹介します。右の画像をクリックするとFlash版のムービーが再生されます。

Flashよりも高画質なQuickTimeムービー版はこちらをご覧下さい。YouTube版はこちらです。

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