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2007-09-26

_ [macosx][safari][アミノ酸][配列解析] BLAST検索でヒットしたエントリ群のmulti fastaファイルを取得する

ここでは、BLAST検索の結果で得られた、問い合わせ配列と類似性のある配列群の配列をマルチファスタフォーマットで取得する方法について説明しています。この方法を使うことで、配列を1個1個コピー&ペーストすることなく、まとめて配列を取得することができます。multi fasta

ムービー中で使用した問い合わせ"P19526"はswissprot (現UniProt)に収録されているhumanのフコース転移酵素Fucosyltransferase1のエントリです。

自分の注目する配列と関連した配列群を集めることで、マルチプルアラインメントや系統樹の作成など、更なる解析に応用することができます。

ここでは、BLAST検索の結果から配列を集めていますが、NCBIのサイトではBLASTの結果でなくても配列IDのリストを作ればmulti fastaファイルを得ることが可能です。

オマケとして、multi fastaファイルから注釈行のみを取り出す方法やエントリIDのリストを取得する方法を、Mac OSXに標準でインストールされている「ターミナル」を使って説明しています。

本編より長いですが、オマケなんです!!

ムービー中で使用したコマンドは以下のようなものです。

grep ">" sequences.fasta > annotation.txt

awk -F\| '/^>/ {print $4}' sequences.fasta > ids.txt

画像をクリックするとFlash版のムービーが再生されます。

Flashよりも高画質なQuickTimeムービー版はこちら

YouTube版はこちらです。


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