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2007-08-29

_ [winxp][IE7][設計ツール][ゲノム][塩基配列][配列解析] 高速アラインメントツールBLATをプライマー設計支援ツールとして使い倒す

2009年6月19日追記:同一内容の新しい動画を公開しました。

BLAT

BLAT(The BLAST-like Alignment Tool)は米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)にて開発された高速なアラインメントツールで、主に質問配列がゲノム配列中のどの部分にヒットするか(ゲノムランディング(genome landing)といいます)探索するのに用いられています。

ここではヒトの脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) gammaの塩基配列をサンプル配列として、BLATをプライマー設計支援ツールとして使い倒す方法を紹介します。

画像をクリックするとFlash版のムービーが再生されます。 YouTube版はこちらです。


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