公共の遺伝子発現データの検索や解析を行う

UCSC VisiGeneを使って生体内におけるmRNAの局在を調べる 2017

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UCSC VisiGeneを使って生体内におけるmRNAの局在を調べる 2017

UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーションが付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。VisiGeneはin situハイブリダイゼーション (ISH)の画像データを検索・閲覧できるコンテンツの一つです。UCSC VisiGeneを使うことで、生体内におけるmRNAの局在を画像で閲覧することができ、またそれに関する論文などの詳細情報も得ることができます。
ちなみに、UCSC Genome Browser のウェブサイトはヨーロッパとアジアにミラーサイトがあり(UCSC Genome Browser Mirror Sites)、日本からアクセスする場合には、アジアのミラーサイト(RIKEN横浜キャンパス)を使うとさらに高速です。

見どころダイジェスト

  • 00:36 1. UCSC VisiGene のウェブサイトにアクセスする
  • 01:25 2. HoxA遺伝子を検索する
  • 02:02 3. 検索結果の詳細をみる
  • 04:47 4. マウスとアフリカツメガエルの発生期における発現を調べる

動画ファイルのダウンロード

170909_VisiGene.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

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