遺伝子発現リファレンスデータセット RefExの使い方

講習に際しての注意とお願い

みんなで同時にアクセスするとサイトにつながりにくくなることが予想されます。

  • 資料を見ながら自力で進められそうな方はどんどん先に、そうでない方は講師と一緒にすすめていきましょう。
  • サイトの反応が悪い時はタイミングをずらして実行してみてください。
  • 反応が無いからと言って何度もクリックするとますます繋がらなくなってしまいます。おおらかな気持ちで臨みましょう。

わからないことがあったら挙手にてスタッフにお知らせください。

  • 遠慮は無用です(そのための講習会です!)。おいてけぼりは楽しくありません。

講習内容をスムーズに理解するために押さえておくとよい基礎知識として、 「遺伝子のDB・ウェブツールの基礎」(2012年8月AJACS筑波2)の内容をご参照ください。

研究現場で頻繁に使われるデータベースやツールを知る

統合TV

生命科学分野の有用なデータベースやツールの使い方を動画で紹介するウェブサイト

  • http://togotv.dbcls.jp/
  • YouTube版もあります。  http://www.youtube.com/user/togotv/videos
  • ウェブサイトへのアクセスから結果の見方まで、操作の一挙手一投足がわかります。
  • 講義・講習などの参考資料や後輩指導の教材として利用できます。
    • 本講習中、本家サイトが繋がらない時は、統合TVのYouTube版を見ればおおよその内容がわかるようになっています。
    • 今回の講習に関連する内容の多くは、統合TV の発現制御解析・可視化 カテゴリーにあります。
    • 過去の講習会の内容はそのほとんどが統合TVに収録されており、いつでもどこでも繰り返し復習できるようになっています。

遺伝子発現リファレンスデータセット RefEx

RefEx(Reference Expression dataset)

ヒト、マウス、ラットの遺伝子発現情報リファレンスデータセット

  • http://refex.dbcls.jp/
  • 4つの異なる実験手法(EST、GeneChip、CAGE、RNA-seq)によって得られた40種類の正常組織における遺伝子発現データを検索、閲覧できます。
  • 最近新たに、FANTOM5 CAGEデータが追加されました。(ヒト556種、マウス286種)
  • 掲載しているデータやオリジナルデータなどの詳細については、RefExについてをご覧ください。
  • このツールでできること
    • 正常組織における遺伝子発現データを調べる
    • 測定手法による遺伝子発現量の差異を比較する
    • 組織特異的遺伝子をワンタッチで検索可能
    • 遺伝子発現解析などで見出された不詳な遺伝子群の機能および関係性を調べる

【実習1】RefExを使って、組織特異的遺伝子を検索する(ことを通じて全体の機能概要を解説)

【復習用】RefExの使い方

  1. http://refex.dbcls.jp/を開きます。
  2. 画面中央の「組織特異的に発現する遺伝子を見る」の臓器アイコンにカーソルを合わせると、更に詳細な部位のアイコンが出るので、調べたい臓器(例として肝臓)をクリックします。
  3. 検索結果一覧が表示されます。 検索結果一覧では、「ソート項目の切り替え」や「絞り込み検索」、「リストへの追加」ができます。(後述10)
    • 右上の「ダウンロード」をクリックすると検索結果のタブ区切りテキストがダウンロードできます。
  4. 各遺伝子の青字の部分(例 fibrinogen alpha chain)をクリックすると詳細情報を閲覧できます。
  5. 「ヒートマップ on Bodyparts3D」では、表示する部位の切り替え(全身・体幹部・頭部)ができます。「皮膚・骨格筋を表示」もしくは「アニメーション表示」にチェックを入れるとどのように表示されるでしょうか。
  6. 「組織40分類別データ」では、バーの上にマウスオーバーすると測定部位と発現値が表示されます。
  7. Download」をクリックすると、表示中の遺伝子の組織40分類別の発現データがタブ区切り形式でダウンロードできます。
  8. 右側のFANTOM5 CAGEのタブをクリックすると、FANTOM5 CAGEデータのビューアに切り替わります。
    1. ビューアは上部が拡大図で、下部が全体表示になっています。
    2. 検索窓にキーワードを入れるとサンプル名を検索できます。ヒットしたサンプルはオレンジ色で強調されます。
    3. 右側に、サンプル名と発現値、サンプル分類が表示されます。
    4. RefEx用に整理したサンプル情報一覧 も閲覧可能です。
  9. Probe set ID」のリンク先をクリックすると、どういう情報が参照できるでしょうか。
  10. 遺伝子オントロジー(GO ID)をクリックすると、そのGO termを持つ他の遺伝子を一括で検索できます。
    1. 例として、GO:0007596 blood coagulation をクリックしてみましょう。
  11. ソート項目を切り替えて、どのように結果が変わるでしょうか。
  12. 絞り込み検索は左のバーから行えます。
    1. 遺伝子名に「liver」を含むデータは何件あるでしょうか。
    2. 「遺伝子名」の下の「条件なし」をクリックして表示されるウインドウに「liver」と入力し、「Include」をクリックし、「この条件で絞り込み」を押します。
    3. 「遺伝子名」の項目で「Exclude」に「solute」を加えると、検索結果はどう変わるでしょうか。
    4. 「組織」の項目で、データ元をRNA-seqに変更したり、臓器の指定を追加すると検索結果はどう変わるでしょうか。
    5. 「必ず含むデータセット」の「ALL」にチェックを入れると、検索結果はどう変わるでしょうか。
  13. 個々の遺伝子の詳細情報は、リストに追加することで並列に比較することができます。
    1. 肝臓特異的遺伝子の検索結果一覧に移動して、3つの遺伝子を「リストに追加」してみましょう。
    2. 追加した件数は「リストを見る」の横に表示されます。
    3. 「リストを見る」をクリックするとリストに移動します。
    4. 『並べて表示する』にチェックを入れて、「遺伝子を並べて表示」をクリックします。
    5. 並列に比較することで見えてくる「違い」はなんでしょうか。
  14. 自分の研究テーマに関連する、また興味のある遺伝子について検索してみましょう。