遺伝子・タンパク質発現を網羅的に調べたい

番組タイトル 概要 作成日
TargetMineの使い方〜リスト検索・クエリビルダ編〜 疾患関連遺伝子、相互作用、転写因子などの創薬研究のキーとなるデータから、効率的に知識発見 2015.3.6
TargetMineの使い方 〜キーワード・テンプレート検索編〜 疾患関連遺伝子、相互作用、転写因子などの創薬研究のキーとなるデータから、効率的に知識発見 2015.2.5
The Human Protein Atlasでヒトのタンパク質の発現情報を画像データとともに調べる ヒト組織・ガン細胞・細胞株におけるタンパク質・RNAの発現情報を様々な画像データとともに見る 2015.2.4
Arabidopsis eFP Browser でシロイヌナズナの遺伝子発現情報を見る Arabidopsis eFP Browserの使い方 2014.3.1
RefExの使い方 RefExの基本的な使い方 2014.2.22
Human Brain Transcriptomeを使ってヒトの脳の発達に関する時空間トランスクリプトームを見る ヒトの脳の発達おける時空間的なトランスクリプトームの解析 2013.9.9
GeneSigDBを使って ある生命現象を特徴づける遺伝子セットを検索・比較する gene signatureの検索・比較するGeneSigDBの使い方  2013.7.17
遺伝子発現プロファイルデータベースBioGPSを使い倒す 2012 ヒト・マウス・ラットの組織・細胞における遺伝子発現プロファイルのデータベース 2012.9.11
NCBI GEOの使い方5~GEO2Rを使う~ マイクロアレイ実験データを、データ解析環境Rをベースにして解析するGEO2Rの解説 2012.5.24
NCBI GEOの使い方4~データセットブラウザの使い方2~ 2012 データ解析ツールを用いた目的遺伝子の検索。クラスタリング結果の閲覧、統計解析、発現分布の見方 2012.2.27
ArrayExpressを使い倒す2 Atlas of Gene Expressionを使って遺伝子発現状況を調べる 目的遺伝子の発現状況を分かりやすく閲覧する 2012.2.18
ArrayExpressを使い倒す1 データの検索方法および生データのダウンロード方法 2012 主にマイクロアレイ実験由来の発現データの取得・検索 2012.2.17
Human Protein reference databaseを使ってヒトタンパク質の情報を調べる Query、Browse、Blastを利用してタンパク質情報を検索する 2012.2.16
NCBI GEOの使い方3~データセットブラウザの使い方1~ 2012 実験データセットにおける遺伝子発現を調べる 2012.1.28
NCBI GEOの使い方2~遺伝子プロファイルの検索・処理済みデータの取得~ 興味のある遺伝子のプロファイルを検索および実験データの正規化されたファイルの取得方法 2011.10.20
BrainStarsを使ってマウスの脳の各部位における遺伝子の発現量を調べる マウス脳の包括的な遺伝子発現(マイクロアレイ)データベース 2011.10.11
Allen Brain Atlasを使い倒す〜基本編〜 2011 マウス脳での遺伝子発現データベースの基本的な使い方 2011.9.28
NCBI GEOの使い方1~マイクロアレイデータの検索・取得~ 2011 目的のマイクロアレイ実験データセットへのアクセス方法および生データ取得方法 2011.7.11
Cell Montage を使って遺伝子発現プロファイルを検索する 遺伝子発現データベースから発現パターンの類似した細胞や組織を検索するCell Montageの使い方 2011.4.26
NCBI Gene Expression Omnibus(GEO)にマイクロアレイデータを登録(Submit)する 自分のマイクロアレイデータをNCBI GEOに登録する方法 2011.4.22
ESTデータベース Entrez UniGeneを使い倒す 2011 遺伝子のESTデータベースであり、様々な遺伝子のEST配列を取得することができるUniGeneの紹介 2011.3.2
Human Protein Atlasを使って組織・細胞におけるタンパク質発現情報を調べる 2011 ヒト組織・ガン細胞・細胞株におけるタンパク質の発現情報 2011.1.13
はじめてのRefEx(Reference Expression dataset) RefExの基本的な使い方 2010.6.18
Ensembl Tips 〜ArrayExpress の遺伝子発現情報を表示する〜 ArrayExpressのデータをEnsemblに表示する方法 2010.5.13
UCSC VisiGeneの使い方 in situハイブリダイゼーションの画像データの検索・閲覧 2010.4.16
遺伝子発現バンク(GEO)目次を使い倒す 2010 NCBI GEOのデータの全容を俯瞰するための仕組み 2010.3.26
UCSC Gene Sorterを使って遺伝子間の関連性を探索する 目的遺伝子周辺および遺伝子同士の関連性をリストアップしまとめてIDや配列を取得 2009.11.5
Allen Brain Atlasを使い倒す〜応用編〜 マウス脳での三次元遺伝子発現マップ構築および複数データの閲覧 2009.7.19
GenePaintを使ってマウスの胚や脳における遺伝子発現の局在を調べる マウス発生過程の遺伝子発現局在を組織切片画像から検索 2009.6.13
ATTEDIIを使い倒す シロイヌナズナの遺伝子発現データから機能や共発現遺伝子などを検索 2009.5.22
植物ESTボディーマップを使い倒す ESTによる植物の器官別遺伝子発現量推測 2009.3.28
NCBI GEOの使い方3 データセットブラウザを使い倒す 一つの実験データセットにおける様々な遺伝子発現情報の解析方法 2009.2.21
ヒト統合ボディーマップ 2.染色体領域で眺める、他 染色体領域からヒト遺伝子発現データを調べる 2009.2.18
BodymapXSを使い倒す 分類学と解剖学による動物のESTデータベース 2009.2.10
ヒト統合ボディーマップ 1.発現パターンから探す 解剖学的手法に基づくヒト遺伝子発現データを調べる 2009.2.4

遺伝子、タンパク質を機能別に分類したい

番組タイトル 概要 作成日
BioMart v0.9を使い倒す 〜Enrichment analysis編〜 発現変動が見られた遺伝子群の特徴を可視化 2014.10.10
DAVIDの使い方 実践編 発現変動が見られた遺伝子群の特徴を可視化 2013.5.28
PANTHERを使ってマイクロアレイデータを機能解析する 発現変動が見られた遺伝子群の特徴を可視化 2013.4.30
DAVIDを使ってマイクロアレイデータを解析する 2012 発現変動が見られた遺伝子群の特徴を可視化 2012.9.27
Gene Ontologyを使って特定遺伝子の機能情報を検索する 2011 生物学的プロセス・細胞の構成要素・分子機能の3点から遺伝子の機能情報を検索 2011.10.28
DAVIDを使ってマイクロアレイデータを解析する 発現変動が見られた遺伝子群の特徴を可視化 2009.9.25
Spotfireを用いたマイクロアレイデータのGene Ontologyによるアノテーション マイクロアレイデータをGO TermとSpotfireを組み合わせて可視化 2009.8.8
GO Terms Classifications Counterを使ってマイクロアレイデータを可視化する 発現変動のあった遺伝子群の特徴を概観 2009.8.6

遺伝子やタンパク質の発現が何によって制御されているか調べたいとき

番組タイトル 概要 作成日
DBTSSを使って遺伝子の発現制御領域を調べる 2010 遺伝子の転写開始点およびプロモーター領域を検索 2010.11.9
Ensembl tips 〜DBCLSで提供しているゲノムアノテーションを表示する〜 2010 DBCLSで提供しているゲノムアノテーションをDASを用いてEnsemblに追加・表示 2010.4.20
Galaxyを使い倒す-特定の転写因子予測結合領域と遺伝子上流領域の「交差点」をリストアップする 特定の転写因子予測結合領域と遺伝子上流領域の重なりを検索 2013.7.29
MGIの使い方その1 ノックアウトマウス情報の有無を調べる マウスに関する遺伝子、ゲノム、生物学的な情報を提供する統合データベース 2008.11.25
UCSC Table Browserを使い倒す 2011 CSC Genome Browserのデータから独自のフィルターを用いて目的のデータを絞り込み検索 2011.6.20
siDirectでsiRNAを設計する 2011 目的に応じたsiRNAをデザイン 2011.6.6
miRBaseの使い方 microRNAの塩基配列・アノテーション・ターゲット遺伝子の予測データを提供するデータベース 2010.12.16
microRNA.orgの使い方 哺乳類細胞におけるmicroRNAのターゲット予測結果と発現プロファイルの閲覧 2011.2.17
siDirectのオプションを使いこなす&shRNAを設計する siDirectのオプションの使い方およびshRNAの設計法について 2011.7.12
UCSC Genome Browserの使い方~wig形式のファイルをトラックとして追加する~ wig形式のファイルをUCSC Genome Browserにアップロードし閲覧する方法 2012.1.16

DNA、遺伝子、タンパク質、代謝産物などのさまざまな生体分子間の関係を調べたい

番組タイトル 概要 作成日
GeneMANIAを使って遺伝子間ネットワークを検索する 遺伝子間ネットワークの検索 2013.6.5
Sigma-AldrichのYour Favorite Geneを使って遺伝子に関連するパスウェイや機能などの様々な情報を調べる パスウェイや相互作用ネットワークを表示 2012.12.27
Cytoscapeを使って実験データを可視化する Cytoscapeを用いて大量データの読み込みの仕方、フィルターのかけ方、ネットワークの可視化をする 2013.11.29
Cytoscape を使い倒す!~インストール・基本操作編~ ネットワーク解析ができるCytoscapeの導入方法と基本的な使い方について 2013.10.17
Reactomeを使い倒す〜2・Reactomeへのマッピング〜 発現データなどの網羅的なデータから関連するパスウェイを抽出 2011.4.1
Reactomeを使い倒す~1・基本編~ 2011 ヒト生体中での反応およびパスウェイのデータベースの基本的な利用法 2011.2.27
Website for Alternative Splicing Predictionの使い方 新規のエキソンやそれらを含む組織特異的なsplicingを予測 2010.5.19
二次代謝産物データベースシステムKNApSAcKの使い方 マススペクトル解析結果からの化合物検索および生物系統からの情報検索 2009.12.14
UCSC Gene Sorterを使って遺伝子間の関連性を探索する 目的遺伝子周辺および遺伝子同士の関連性をリストアップしまとめてIDや配列を取得 2009.11.5
NCBI Biosystemsを使ってレチナールの代謝経路を調べる レチナールの代謝経路を例としたBiosystemsの基本的な使い方 2009.8.14
Reactomeを使い倒す〜3・PathFinder〜 2つの化合物間の最短パスウェイを調べる 2009.5.29

エピジェネティクス解析

番組タイトル 概要 作成日
UCSC Genome Browser の使い方〜アノテーショントラック編〜 ゲノム配列のアノテーション表示 2010.7.22
QUMAを使い倒す〜2、統計解析モード〜 Bisulfite sequencing法によるDNAメチル化のパターン図を作成 2009.8.29
QUMAを使い倒す〜1、メチル化状態解析モード〜 Bisulfite sequencing法によるDNAメチル化状態を容易に解析 2009.8.28

次世代(新型)シーケンサー解析

番組タイトル 概要 作成日
公共アーカイブ DRAへのデータの登録方法 DRA(DDBJ Sequence Read Archive)へのデータの登録方法 2010.9.29
次世代シーケンサの活用法〜データの解析法〜 次世代シーケンサデータの解析法 2010.8.25
次世代シーケンサ配列の登録・データ解析〜クラウド型解析パイプライン・実習assembly/mapping〜 次世代シーケンサで読んだリシーケンスデータを DDBJ Read Annotation Pipeline を使って解析する方法 2010.8.13
次世代シーケンサ配列の登録・データ解析〜次世代シーケンサアーカイブDB〜 次世代シーケンサから出てきた生出力データを登録するための公共アーカイブ DRA (DDBJ Sequence Read Archive)の紹介と、D-way を利用したデータの登録方法 2010.8.12
次世代シーケンサ配列の登録・データ解析〜次世代シーケンサのクラウド型解析パイプライン〜 次世代/新型シーケンサの歴史や各機器の特徴などの紹介および、DDBJで提供しているデータを解析するためのパイプライン DDBJ Read Annotation Pipeline についての紹介 2010.8.11
遺伝子発現情報を使い倒す〜Transcriptome Sequenceによる遺伝子発現解析の実際〜 Bowtie、TopHat、Cufflinksを用いたRNA-seqの解析法 2010.7.9
今日からはじめるDDBJ Read Annotation Pipeline 次世代シーケンサの出力データを自動で解析 2010.6.17
DDBJ Read Annotation Pipelineによるde novo Assembly解析 次世代シーケンサの出力データからde novo Assembly解析 2011.2.26
Avadis NGS の使い方~導入編~ 次世代シーケンサから得られたデータの解析のための商用ソフトウェアであるAvadis NGSの導入方法 2011.8.3
Avadis NGS の使い方~RNA-seq編~ 次世代シーケンサから得られたデータの解析のための商用ソフトウェアであるAvadis NGSの RNA-seq 解析の方法 2011.11.24
Avadis NGS の使い方~ChIP-seq編~ 次世代シーケンサから得られたデータの解析のための商用ソフトウェアであるAvadis NGSの ChIP-seq 解析の方法 2012.6.26
R+Bioconductorを使ったNGS解析1 R+Bioconductorを使ったNGS解析のハンズオン講義 2012.9.25
R+Bioconductorを使ったNGS解析2 R+Bioconductorを使ったNGS解析のハンズオン講義 2012.9.26
次世代シーケンスデータベースSequenceReadArchiveを利用する SequenceReadArchive の使い方の解説 2013.9.12
次世代シーケンサーを用いたHLA遺伝子の配列決定 次世代シーケンサーを用いたHLA遺伝子の配列決定に至る詳細についての講演 2013.10.9
次世代シーケンサを活用した研究事例と、それを支える公共ツール・データベース その1 NGS解析の実例と有用な公共ツール・データベースの紹介1 2014.2.8
次世代シーケンサを活用した研究事例と、それを支える公共ツール・データベース その2 NGS解析の実例と有用な公共ツール・データベースの紹介2 2014.2.9
Integrative Genomics Viewer IGVを使い倒す 〜基本編〜 アノテーションデータの読み込み、表示の切替、検索、特定の塩基配列の取得などの基本的な使い方を紹介 2014.5.29
Integrative Genomics Viewer IGVを使い倒す 〜マッピングデータを可視化する〜 マッピングファイルをIGV上で可視化する方法を紹介 2014.7.16
次世代シーケンスデータの視覚化 次世代シーケンス解析の概要から、公共データの活用、IGVの使い方実習 2014.8.22