2019-12-18 UCSC Lift Genome Annotations を使ってゲノム座標データをリファレンス配列間で対応付ける

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UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーション(注釈)が付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。
UCSC Lift Genome Annotations は、UCSCが提供しているツールで、アノテーションをリファレンス配列のバージョン間や種間(ヒトからマウスなど)で対応付けることができるツールです。過去の論文等に記載されている古いバージョンのゲノム座標と、手元の新しいバージョンの座標を対応付けることが必要な時などに重宝します。
ちなみに、UCSC Genome Browser のウェブサイトはヨーロッパとアジアにミラーサイトがあり(UCSC Genome Browser Mirror Sites)、日本からアクセスする場合には、アジアのミラーサイト(RIKEN横浜キャンパス)を使うとさらに高速です。

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2019.205

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