2019-11-22 TCC-GUI を使って RNA-seq データの解析をブラウザで行う

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TCC-GUIは、RNA-seq データの発現量解析を行うための R パッケージであるTCC をブラウザ上で利用することできる GUI バージョンです。(原著論文: TCC-GUI: a Shiny-based application for differential expression analysis of RNA-Seq count data.)
TCC-GUIでは、RNA-seqデータ解析で一般的によく用いられるPCA分析や各種プロット、クラスタリング、ヒートマップ作成などをマウス操作のみで簡単に実行でき、それがどのようなスクリプトで書かれているかも理解できるようになっています。また、可視化された図はインタラクティブに操作することができ、そこから発現変動遺伝子を抽出することも可能です。さらに、RNA-seqデータに模したシミュレーションデータを生成できる機能(乱数の種、遺伝子数、変動遺伝子の割合、サンプル群数を変更可能)も備わっています。オンライン版の TCC-GUI はインストールが不要という長所がある一方、すぐに接続が切れる短所があります。これを回避するローカル版も用意されています。
今回は、TCC-GUIの基本的な使い方と、ローカル版の設定方法について紹介します。

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2019.179

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