2019-09-05 PathPredを使って酵素触媒反応を予測する

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PathPred: Pathway Prediction serverでは、「植物の二次代謝物の生合成経路」と「異物の生分解経路」を調べることができます。前者は「植物の二次代謝物」、後者は「土壌や水域等の環境物質」の化学構造を入力情報として使います。PathPredで予測することで、まだ未知の部分が多い「植物の二次代謝物の生合成経路」と「異物の生分解経路」を明らかにするのに役立ちます。
今回は、植物の二次代謝物として「コーヒー酸」、異物として「トランスフルトリン」を例に、使い方を説明します。
本動画中で参考動画として以下の2本を上げていますのでご覧ください。
・「パスウェイデータベースの紹介とKEGG PATHWAYの使い方」(5:20あたり)
・「E-zyme 2 を使って基質-生成物から代謝酵素を予測する」(6:10あたり)

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2019.119

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