2019-04-12 LEfSeを使って細菌叢(Microbiome)の群間比較解析とバイオマーカー探索を行う

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LEfSe(Linear discriminant analysis effect size)は Curtis Huttenhowerらによって開発されたメタゲノムバイオマーカーを発見するためのツールです (原著論文: Metagenomic biomarker discovery and explanation.)。 複数条件下の微生物群集データを対象に、集団の違いを説明できる特徴量(生物種、系統、OTU、遺伝子、機能など)を統計学的に抽出することができ、ある現象を引き起こす原因菌などを探索することにも用いられます。今回は、Galaxy版のLEfSeを使って、ヒトの各部位ごとに細菌叢と酸素利用性を取得したデータをサンプルとして群間比較解析とバイオマーカー探索を行う方法について紹介します。

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2019.102

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