2019-01-05 ChIP-Atlasを使って興味ある遺伝子リストを制御する可能性の高い転写因子を調べる 〜Enrichment Analysisの使い方〜

YouTube版を視聴できない方はオリジナル版ファイル(mov形式)をダウンロードして、ご覧ください。

ChIP-Atlas は、論文などで報告された ChIP-seq データを閲覧し、利活用するためのウェブサービスです。データ処理の知識やスキルがない方でも簡単に利用できます。データソースは、公開 NGS データレポジトリ (NCBI, EMBL-EBI, DDBJ) に登録されたほぼ全ての ChIP-seq データです。ChIP-Atlas は、九州大学大学院医学研究院発生再生学分野ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) が共同で開発しています。
今回の動画では、利用者自身が持つデータを受け付け、既存のChIP-seqデータとの比較解析を行う「Enrichment Analysis」の使い方を紹介します。興味のある遺伝子リストを 入力すると、それらをまとめて制御する可能性の高い転写因子候補が示されるほか、BED 形式ファイルやシーケンスモチーフを入力すると、それらに enrichment する転写因子群を調べることができます。 ChIP-Atlasに関する動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2019.005

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