2018-10-21 Dataset2Tools でオミックスデータとその解析事例、計算ツールを検索し、再現性の高い再解析を行う

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Datasets2Toolsマウント・シナイ医科大学の Ma'ayan 研究室で開発・運営されている、生物医学のデジタルオブジェクトの発見と評価のためのプラットフォームです。30,000 以上のバイオインフォマティクス解析、6,000 以上の生物学的データセット、4,000 以上の計算ツールを収録し、検索できるようにしています。Datasets2Toolsでは、Canned Analysis と呼ぶ永続的な URL を付与した解析データ一式を提供しており、これはバイオインフォマティクス解析の結果を FAIR原則に準拠して保存するために設計された新しいタイプのデジタルオブジェクトです。それらは解析のタイトルと内容の説明、もととなるオリジナルのデータセット、適用している解析ツールとその出力などの情報が一つに整理されています。通常、論文に掲載する図は、著者の主張に応じて適切に編集されていますが、読者は最大限の情報を得るために未編集の形の図を閲覧したい場合があります。Canned Analysis という形式での提供は、そういった図を共有したり再解析することを可能にします。
RNA-seq などのデータのクラスタリングとヒートマップ化をするツールである Clustergrammerや、多種多様なアノテーション情報を利用したエンリッチメント解析ツールEnrichrの簡単な使いかたも紹介しながら、Datasets2Toolsの使いかたについて紹介します。

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2018.169

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