2018-01-23 ChIP-Atlasを使って既報のChIP-seqデータをまとめて閲覧する 〜Peak Browserの使い方〜

YouTube版を視聴できない方はオリジナル版ファイル(mov形式)をダウンロードして、ご覧ください。

ChIP-Atlas は、論文などで報告された ChIP-seq データを閲覧し、利活用するためのウェブサービスです。データ処理の知識やスキルがない方でも簡単に利用できます。データソースは、公開 NGS データレポジトリ (NCBI, EMBL-EBI, DDBJ) に登録されたほぼ全ての ChIP-seq データです。ChIP-Atlas は、九州大学大学院医学研究院発生再生学分野ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) が共同で開発しています。
今回の動画では、既報の ChIP-seq データをまとめて閲覧し、何がどこに結合しているかが一目でわかる「Peak Browser」の使い方を紹介します。Peak Browserでは、Integrative Genomics Viewer (IGV) (参考: 統合TVによるIGVの使い方解説動画 基本編マッピングデータ可視化編) によりスムーズなブラウジングが可能で、興味の遺伝子のシス調節領域を予測したり、それを制御する転写因子の予測ができます。

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2018.023

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