2016-10-25 【NGSハンズオン2016】第3部 NGS解析 (中~上級) - トランスクリプトームアセンブリ、発現量推定

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本日の統合TVは、2016年7月19日(火) ~ 8月4日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 平成28年度 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 から、東京大学大学院農学生命科学研究科 門田 幸二 特任准教授 による「第3部 NGS解析 (中~上級) (農学生命情報科学特論II) トランスクリプトームアセンブリ、発現量推定」をお送りします。約5時間57分です。
本講習では、主に
・de novoトランスクリプトームアセンブリ(TrinityとBridger)
・前処理(アダプター除去やトリミング)との組合せによる性能比較
・発現量推定(TIGAR2)
をハンズオン形式で学びます。
講義資料 (PDF: 約9.7MB)
関連ウェブサイトのリンク情報などを含む資料ページはこちらです。
この動画と講習資料が同時に見られる「AJACS講習会資料」ページはこちらです。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

見どころダイジェスト
1. 乳酸菌RNA-seqデータ解析のおさらいと問題設定(0:09:46)
2. de novoトランスクリプトームアセンブリ~事前準備~(0:12:57)
3. de novoトランスクリプトームアセンブリ~FastQC~(0:17:35)
4. de novoトランスクリプトームアセンブリ~Rockhopper2おさらい~(0:23:06)
5. de novoトランスクリプトームアセンブリ~情報抽出~(0:49:19)
6. de novoトランスクリプトームアセンブリ~様々なトリム条件でRockhopper2を実行(トリミング)~(0:59:18)
7. de novoトランスクリプトームアセンブリ~様々なトリム条件でRockhopper2を実行(fastx-trimmer–f–l)~(1:09:49)
8. de novoトランスクリプトームアセンブリ~様々なトリム条件でRockhopper2を実行(様々なトリム条件)~(1:29:43)
9. de novoトランスクリプトームアセンブリ~様々なトリム条件でRockhopper2を実行(様々な基準でアセンブリ結果を評価)~(2:16:53)
10. de novoトランスクリプトームアセンブリ~様々なトリム条件でRockhopper2を実行(ベストな条件でpaired-endアセンブリを実行)~(2:34:05)
11. de novoトランスクリプトームアセンブリ~Trinity(解凍)~(2:55:56)
12. de novoトランスクリプトームアセンブリ~Trinity(インストール)~(3:05:08)
13. de novoトランスクリプトームアセンブリ~Trinity(実行方法を調べてパスを通す)~(3:18:22)
14. de novoトランスクリプトームアセンブリ~Trinity(色々試しながら実行)~(3:33:55)
15. de novoトランスクリプトームアセンブリ~Trinity(apt-get)~(4:24:47)
16. de novoトランスクリプトームアセンブリ~Bridger~(4:28:32)
17. 発現量推定~TIGAR2のダウンロード、解凍、動作確認~(4:43:34)
18. 発現量推定~推奨パイプラインに従って実行~(4:55:04)
19. 発現量推定~結果の解釈、FPKM (RPKM)値を手計算~(5:24:35)

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2016.153

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