2016-10-24 【NGSハンズオン2016】第3部 NGS解析 (中~上級) - クラウド環境との連携、ロングリードデータの解析

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本日の統合TVは、2016年7月19日(火) ~ 8月4日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 平成28年度 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 から、東京大学大学院農学生命科学研究科 門田 幸二 特任准教授 による「第3部 NGS解析 (中~上級) (農学生命情報科学特論II) クラウド環境との連携、ロングリードデータの解析」をお送りします。約5時間54分です。
本講習では、主に
・NGS連載第6回(残り)、ゲノムサイズ推定(KmerGenie)
・配列長によるフィルタリング(Pythonプログラム実行と改変)
・DDBJ Pipeline (VelvetとPlatanus;エアーハンズオン)
・ロングリード(PacBio)データと公共DB
・ファイル形式(sra, FASTQ, bax.h5)、SRA Toolkit、FastQC
・DDBJ Pipeline (HGAP;エアーハンズオン)
をハンズオン形式で学びます。
講義資料 (PDF: 約10.3MB)
関連ウェブサイトのリンク情報などを含む資料ページはこちらです。
この動画と講習資料が同時に見られる「AJACS講習会資料」ページはこちらです。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2016.152

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