2016-10-23 【NGSハンズオン2016】第3部 NGS解析 (中~上級) - Linux環境でのデータ解析:マッピング、トリミング、アセンブリ

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本日の統合TVは、2016年7月19日(火) ~ 8月4日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 平成28年度 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 から、東京大学大学院農学生命科学研究科 門田 幸二 特任准教授 による「第3部 NGS解析 (中~上級) (農学生命情報科学特論II) Linux環境でのデータ解析:マッピング、トリミング、アセンブリ」をお送りします。約5時間53分です。
本講習では、主に
・NGS連載第5回(残り)、第6回(W10-6まで)
・RパッケージQuasRを用いたRNA-seqデータのマッピング
・末端塩基のトリミング(Biostringsとfastx_trimmer)
・トリミング前後のde novoアセンブルとマッピング結果の評価
・Illumina MiSeqデータの特徴と前処理(FastQCとFaQCs)
・de novoゲノムアセンブリ(Velvet)
をハンズオン形式で学びます。
講義資料 (PDF: 約11.9MB)
関連ウェブサイトのリンク情報などを含む資料ページはこちらです。
この動画と講習資料が同時に見られる「AJACS講習会資料」ページはこちらです。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

見どころダイジェスト
1. Illumina HiSeqデータ(トランスクリプトーム)の乳酸菌ゲノムへのマッピング~W14:QuasRパッケージを用いたマッピングの事前準備と本番~(0:05:28)
2. Illumina HiSeqデータ(トランスクリプトーム)の乳酸菌ゲノムへのマッピング~W15:結果の解説、forward側の100-107bp付近に問題があることを特定~(0:55:18)
3. トリミング、de novoトランスクリプトームアセンブリとマッピングの再実行~W16:問題のある領域(forward側の100-107bp)のトリミング~(1:25:25)
4. トリミング、de novoトランスクリプトームアセンブリとマッピングの再実行~W17:トリム後のデータでアセンブリを再実行(Rockhopper2; クラスパス設定関連Tips含む)~(1:46:58)
5. トリミング、de novoトランスクリプトームアセンブリとマッピングの再実行~W18:トリム後のデータでマッピングを再実行(QuasR)~(2:34:06)
6. トリミング、de novoトランスクリプトームアセンブリとマッピングの再実行~W19:トリム前のデータでクオリティチェックを再実行(FastQC)~(2:49:09)
7. Illumina MiSeqデータ(乳酸菌ゲノム)の特徴と前処理~W4:FastQC~(3:24:07)
8. Illumina MiSeqデータ(乳酸菌ゲノム)の特徴と前処理~W5:FaQCs~(3:42:40)
9. Illumina MiSeqデータ(乳酸菌ゲノム)の特徴と前処理~W6:再度FastQC~(3:58:23)
10. de novoゲノムアセンブリ~W7:Bio-LinuxにプレインストールされているVelvet (ver. 1.2.09)を上限のk=31で実行~(4:11:40)
11. de novoゲノムアセンブリ~W8:k=31のアセンブリ結果をRで確認。k=141で実行し、k=31の結果と同じになるのを確認~(4:43:19)
12. de novoゲノムアセンブリ~W9:Velvet (ver. 1.2.10)のインストール~(4:56:46)
13. de novoゲノムアセンブリ~W10:Velvet (ver. 1.2.10)の実行~(5:24:26)

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2016.151

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