2016-10-22 【NGSハンズオン2016】第3部 NGS解析 (中~上級) - Linux環境でのデータ解析:JavaやRの利用法

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本日の統合TVは、2016年7月19日(火) ~ 8月4日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 平成28年度 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 から、東京大学大学院農学生命科学研究科 門田 幸二 特任准教授 による「第3部 NGS解析 (中~上級) (農学生命情報科学特論II) Linux環境でのデータ解析:JavaやRの利用法」をお送りします。約5時間22分です。
本講習では、主に
・日本乳酸菌学会誌のNGS連載第4回の復習(特にFastQCとFaQCs)
・乳酸菌連載第5回(W13-2まで)
・paired-endファイルのアダプター除去(FaQCs)
・Javaプログラムの設定と実行(Rockhopper2)
・Linux環境でのRの利用法(対話モードとバッチモード)
をハンズオン形式で学びます。
講義資料 (PDF: 約11.7MB)
関連ウェブサイトのリンク情報などを含む資料ページはこちらです。
この動画と講習資料が同時に見られる「AJACS講習会資料」ページはこちらです。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

見どころダイジェスト
1. 日本乳酸菌学会誌のNGS連載第4回までの復習(特にFastQCとFaQCs)~まずはFaQCs実行~(0:05:19)
2. 日本乳酸菌学会誌のNGS連載第4回までの復習(特にFastQCとFaQCs)~おさらい~(0:16:07)
3. 日本乳酸菌学会誌のNGS連載第4回までの復習(特にFastQCとFaQCs)~FastQCでIllumina adapterの消滅確認~(0:49:06)
4. Javaプログラムの設定と実行(Rockhopper2)~W2: Javaの確認とダウンロード、GUI版の実行~(1:16:19)
5. Javaプログラムの設定と実行(Rockhopper2)~W3: Linux Tips (&, ps, kill, and nohup)~(1:41:08)
6. Javaプログラムの設定と実行(Rockhopper2)~W4: コマンドライン版の実行(paired-end)、クラスパスの設定~(2:08:20)
7. Javaプログラムの設定と実行(Rockhopper2)~W5: 再実行~(2:37:03)
8. Javaプログラムの設定と実行(Rockhopper2)~W6:コマンドライン版の実行(single-end)~(2:54:59)
9. Linux環境でのRの利用法~W7:起動と終了、QuasRパッケージのインストール(エアーハンズオン)~(3:27:40)
10. Linux環境でのRの利用法~W8:R基本コマンド~(3:45:16)
11. Linux環境でのRの利用法~W9:乳酸菌ゲノム配列取得と基本情報取得(連載第1回の図2)~(3:56:01)
12. Linux環境でのRの利用法~W10:source関数、バッチモードでの利用~(4:18:49)
13. Linux環境でのRの利用法~W12:バッチモードでの利用の発展形、入力ファイルの絶対パス指定~(4:51:11)
14. Linux環境でのRの利用法~W13:gzip圧縮状態での利用~(5:11:22)

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2016.150

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