2016-10-16 【NGSハンズオン2016】第1部 統計解析 - トランスクリプトーム解析1

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本日の統合TVは、2016年7月19日(火) ~ 8月4日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 平成28年度 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 から、東京大学大学院農学生命科学研究科 門田 幸二 特任准教授 による「第1部 統計解析 (農学生命情報科学特論I) トランスクリプトーム解析1」をお送りします。約4時間32分です。
本講習では、主に
・カウントデータ取得以降の統計解析(RNA-seq)
・サンプル間クラスタリング、結果の解釈
・発現変動解析(反復あり2群間比較)
・分布やモデル、実験デザイン
・反復なし2群間比較(TCC, DESeq2)、および結果の解釈
をハンズオン形式で学びます。
講義資料 (PDF: 約6.5MB)
解析データ (ZIP: 約3.2MB)
関連ウェブサイトのリンク情報などを含む資料ページはこちらです。
この動画と講習資料が同時に見られる「AJACS講習会資料」ページはこちらです。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

見どころダイジェスト
1. カウントデータ、データの正規化(基礎)、RPK、RPM、RPKM (0:03:59)
2. サンプル間クラスタリング、結果の解釈~20150729の復習(Blekhmanのデータ)、Tips~(0:42:28)
3. サンプル間クラスタリング、結果の解釈~ReCountのbodymapデータ~(1:20:16)
4. サンプル間クラスタリング、結果の解釈~giladデータ~(1:34:15)
5. サンプル間クラスタリング、結果の解釈~マージ(bodymap + gilad)後のデータ~(1:49:21)
6. 発現変動解析(反復あり2群間比較)~Blekhmanのデータ(DEGが多い場合)、M-A plot~(2:06:24)
7. 発現変動解析(反復あり2群間比較)~モデル、分布、統計的手法、Blekhmanのデータ(DEGがそれほど多くない場合)~(2:41:13)
8. 発現変動解析(反復あり2群間比較)~Blekhmanのデータ(DEGがほとんどない同一群の場合)~(2:51:52)
9. 発現変動解析(反復あり2群間比較)~倍率変化(2倍以上、1/2以下の発現変動)を用いた場合~(3:05:02)
10. 発現変動解析(反復あり2群間比較)~giladのデータ(オス肝臓3サンプル vs. メス肝臓3サンプル;計6人)~(3:11:36)
11. 実験デザイン、反復なし2群間比較~MAQCのtechnical replicatesデータ(7 brain samples vs. 7 UHR samples)~(3:17:15)
12. 実験デザイン、反復なし2群間比較~MAQCのbiological replicatesデータ(1 brain samples vs. 1 UHR samples)~(3:42:15)
13. 実験デザイン、反復なし2群間比較~反復なし2群間比較:maqc (pooled)~(3:53:12)

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2016.144

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